| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 165,932 | A→C | 8.5% | D325E (GAT→GAG) | pntAA ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 165,932 | 0 | A | C | 8.5% | 324.2 / 18.5 | 119 | D325E (GAT→GAG) | pntAA | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/50); new base C (4/6); total (62/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTGCGC > NC_002947/165785‑166078 | ttAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATc > 1:151390/1‑150 (MQ=255) aGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg < 1:2179314/150‑1 (MQ=255) gCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGc < 2:151390/150‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGAACACCAGGAAGGCCAACACTTCGCGCACCTTGGGGGAGTTGAGCTGCGCTCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCAc > 1:836137/1‑150 (MQ=255) gtgtttGCGGACTACCTTACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACt < 2:332620/147‑1 (MQ=255) tttttGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACtg < 2:2250998/150‑2 (MQ=255) cGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACtgtacgca < 1:1640342/150‑8 (MQ=255) ggACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTggg > 1:148101/1‑150 (MQ=255) acgacCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGcc > 2:2966627/1‑150 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAg > 1:3011334/1‑150 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAAACGACGAATACACG‑CCCACACCAGGTGTCTTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAg > 1:2664006/1‑150 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGCTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGc > 2:1939488/1‑144 (MQ=255) cATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAg < 1:722121/145‑1 (MQ=255) cATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAAGCATCGGCACTCAGCTGGGGCGGCAGGCTgg > 1:1338079/1‑150 (MQ=255) tCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTc < 2:2782408/150‑1 (MQ=255) gCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGcc > 1:765481/1‑150 (MQ=255) atgaggcaggcCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcgacg > 2:768574/4‑150 (MQ=255) aTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCgg > 2:2803483/1‑143 (MQ=255) 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ttGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCTCCTGCTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGTTGATAAGCCGATGaccacc < 2:765481/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTg > 2:1693486/1‑125 (MQ=255) cgtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAg < 2:1665054/150‑1 (MQ=255) gtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGc < 2:711732/150‑1 (MQ=255) gtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGc > 2:2932368/1‑150 (MQ=255) tgcgtACAGTGCCGAGGTATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcga > 1:2694797/1‑56 (MQ=255) tgcgtACAGTGCCGAGGTATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcga < 2:2694797/56‑1 (MQ=255) gtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc < 2:1597590/72‑1 (MQ=255) gtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc > 1:1597590/1‑72 (MQ=255) tgaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTggg > 2:572376/3‑117 (MQ=255) tgaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTggg < 1:572376/115‑1 (MQ=255) gaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCtt > 2:1261423/2‑150 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACg > 1:142151/1‑60 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACg < 2:142151/60‑1 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTc < 1:2475994/150‑1 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGt < 2:66879/90‑1 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTg > 2:654830/1‑111 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTg < 1:654830/111‑1 (MQ=255) cGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGCTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTg > 1:1785078/1‑150 (MQ=255) gAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgc < 1:875856/150‑1 (MQ=255) ggCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgcgc < 2:3011334/150‑1 (MQ=255) ggCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgcgc < 1:2539147/150‑1 (MQ=255) | TTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTGCGC > NC_002947/165785‑166078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |