Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,534,940 | A→G | 5.5% | intergenic (+89/‑94) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,534,940 | 0 | A | G | 5.5% | 435.7 / 5.9 | 141 | intergenic (+89/‑94) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/68); new base G (2/6); total (67/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACT > NC_002947/1534793‑1535089 | aGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAAc < 1:2448420/150‑1 (MQ=255) aGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAAc < 2:1283193/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACgg < 2:145456/150‑1 (MQ=255) 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aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTgg > 1:1074103/1‑144 (MQ=255) aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg > 2:2683224/1‑150 (MQ=255) agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGa < 2:1376557/134‑1 (MQ=255) agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGa > 1:1376557/1‑134 (MQ=255) gaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGcc > 1:2132756/1‑150 (MQ=255) 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gcTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCg < 1:2908831/150‑1 (MQ=255) cTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCgg < 1:450303/150‑1 (MQ=255) tCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCggg < 2:1007618/150‑1 (MQ=255) tCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGttt < 1:2512017/150‑1 (MQ=255) tCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCGGCACCCGGTTCCGGGttt < 2:2575964/150‑1 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGttt > 2:626780/1‑81 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAAt > 1:1534702/1‑100 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAAt < 2:1534702/100‑1 (MQ=255) tGAACGGGCGGGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGaa < 2:140851/150‑1 (MQ=255) tGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGTCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTTTTGGGCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACACGCTTATCGGTTTTCaa < 2:1529081/150‑1 (MQ=255) aaCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCtt < 1:1530946/60‑1 (MQ=255) aaCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCtt > 2:1530946/1‑60 (MQ=255) aaCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAAt > 2:2021272/1‑96 (MQ=255) aaCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAAt < 1:2021272/96‑1 (MQ=255) aaCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACt < 2:353907/150‑1 (MQ=255) | AGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACT > NC_002947/1534793‑1535089 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |