| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,632,135 | C→T | 5.5% | P283S (CCT→TCT) ‡ | lepA → | elongation factor 4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,632,135 | 0 | C | T | 5.5% | 389.6 / 4.2 | 129 | P283S (CCT→TCT) ‡ | lepA | elongation factor 4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/62); new base T (4/4); total (63/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AGGTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGAA > NC_002947/1631986‑1632284 | aGGTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGAccc < 1:2396135/150‑1 (MQ=255) ggTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGa < 1:1929571/150‑1 (MQ=255) gTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAg < 2:691311/150‑1 (MQ=255) 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ggTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGtt < 1:2781469/143‑1 (MQ=255) ggTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGtt > 2:2781469/1‑143 (MQ=255) ggTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGACCTGAAAGCCGGCGACGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACCTCCCCGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGTTCGAGGTTTTGCCAgcc < 2:893108/150‑3 (MQ=255) gtgtCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAgg > 1:3006206/1‑132 (MQ=255) gtgtCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCa < 2:1171193/146‑1 (MQ=255) 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ccctgaccctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGActcct < 1:864779/150‑1 (MQ=255) cctgaccctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCaag < 1:1231245/49‑1 (MQ=255) cctgaccctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCaag > 2:1231245/1‑49 (MQ=255) cctgaccatgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGActcctc > 2:128641/1‑150 (MQ=255) ctgaccctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCCGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCAAGGATTTCCGCGACGCTCCGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCg < 2:1266988/150‑1 (MQ=255) tgaccctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGc < 1:1988790/150‑1 (MQ=255) ccctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGc > 2:3057521/1‑150 (MQ=255) ctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGaa > 2:2793545/1‑134 (MQ=255) ctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAg < 1:2010445/150‑1 (MQ=255) acaccTCGACCTCATGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGt > 2:42108/4‑150 (MQ=255) acaccTCGACCTCAGGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCCGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAg < 1:1070543/95‑1 (MQ=255) acaccTCGACCTCAGGGGGCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGGAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGTTCTGACGACGTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGCCCCTGAACGACTCCTGGCTGCAGt > 2:2497375/4‑150 (MQ=255) caccTCGACCTCAGGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCcg > 1:2093935/3‑105 (MQ=255) caccTCGACCTCAGGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCcg < 2:2093935/103‑1 (MQ=255) tCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACAACGGCCTGTTCCCGTTCATCTCCTACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATg > 1:1148328/1‑150 (MQ=255) cGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGc < 2:2376239/150‑1 (MQ=255) gACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGcc > 2:286620/1‑150 (MQ=255) ccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGaa > 1:675309/1‑150 (MQ=255) ccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGaa < 2:1532711/150‑1 (MQ=255) | AGGTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCC‑AGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGAA > NC_002947/1631986‑1632284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |