| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,228,404 | G→C | 7.0% | A172P (GCA→CCA) | holB → | DNA polymerase III subunit delta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,228,404 | 0 | G | C | 7.0% | 550.4 / 26.1 | 172 | A172P (GCA→CCA) | holB | DNA polymerase III subunit delta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/78); new base C (6/6); total (88/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TCCAACGCCCTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTGAAGAAG > NC_002947/2228257‑2228553 | aaCGCCCTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtgg > 2:2594395/1‑150 (MQ=255) aCGCCCTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtggc < 1:2855973/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtggctg > 1:2156118/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtggctggc > 1:442056/1‑150 (MQ=255) cTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtggctggct > 2:2675505/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGcgcg < 1:199300/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTCTGAGCAGCCCATGCGGGCCGAGGGCCAGGCATGGCTGGCTGGcgcg > 1:2214009/1‑150 (MQ=255) aaaGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtggc > 2:3032221/1‑138 (MQ=255) 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1:2783596/129‑2 (MQ=255) cTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGCCAtgcctggctc > 2:2783596/1‑128 (MQ=255) tCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAg < 1:346665/150‑1 (MQ=255) ggagATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGGCGGTGGCCGACGAGCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGACAGGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTCCGACGAGGTc > 2:2489375/4‑150 (MQ=255) ggTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTc < 1:1422688/150‑1 (MQ=255) tGATACCGTTGTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGa < 1:131783/150‑1 (MQ=255) 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gTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACg > 2:1597653/1‑150 (MQ=255) gTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGATGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAg > 2:1872532/1‑126 (MQ=255) gCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTggc < 2:1512076/150‑1 (MQ=255) gCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTggc > 2:1760003/1‑150 (MQ=255) agcccagccGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCTCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAg < 1:83632/150‑1 (MQ=255) 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ccGACGATCAAGAGCCGCAAGCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCg < 1:937990/150‑1 (MQ=255) cgacgaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCgg > 2:731856/1‑150 (MQ=255) cgacgaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCgg > 2:410622/1‑150 (MQ=255) cgacgaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCgg > 1:277524/1‑150 (MQ=255) gacgaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGt > 1:2628585/1‑150 (MQ=255) acgaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTc > 1:2129218/1‑150 (MQ=255) cgaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCAAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCa < 2:446987/150‑1 (MQ=255) gaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTCCCAGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTc > 1:1593358/1‑132 (MQ=255) gaTCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTAGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAg > 2:1907752/1‑150 (MQ=255) tCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGG‑CCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCt > 2:1865397/1‑150 (MQ=255) tCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGG‑CCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCt < 1:1865397/150‑1 (MQ=255) aaGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTg > 2:93614/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAgg > 1:2653858/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGcgac < 1:1728662/79‑1 (MQ=255) cTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGcgac > 2:1728662/1‑79 (MQ=255) cTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAgc > 1:1491011/1‑89 (MQ=255) cTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAgc < 2:1491011/89‑1 (MQ=255) 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ggCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGa < 2:1481100/150‑1 (MQ=255) ggCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGa < 2:2653858/150‑1 (MQ=255) gCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAg < 2:2129218/150‑1 (MQ=255) gCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAg < 1:32207/150‑1 (MQ=255) cTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAg < 1:1382040/136‑1 (MQ=255) 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gCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGt < 2:613233/143‑1 (MQ=255) cccAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACg < 1:644016/150‑1 (MQ=255) ccAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGa < 1:511011/92‑1 (MQ=255) ccAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGa < 2:1296595/126‑1 (MQ=255) ccAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAg < 1:3008094/127‑1 (MQ=255) ccAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACgg > 1:2515885/1‑150 (MQ=255) ccAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACgg > 2:2752964/1‑150 (MQ=255) cAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATgg < 2:2258047/94‑1 (MQ=255) cAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATgg > 1:2258047/1‑94 (MQ=255) cAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACggg < 1:731856/150‑1 (MQ=255) agagCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGAt < 2:1412552/56‑1 (MQ=255) gCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTga < 2:135810/150‑1 (MQ=255) ccAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTgaa > 1:2714826/1‑150 (MQ=255) ccAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTgaa > 1:2416551/1‑150 (MQ=255) ccAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTgaa < 1:1914869/150‑1 (MQ=255) ccAGCCATGCCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTgaa < 2:423765/150‑1 (MQ=255) aGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACg > 1:1457610/1‑141 (MQ=255) gCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTcgc > 2:545780/1‑114 (MQ=255) gCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTcgc < 1:545780/114‑1 (MQ=255) | TCCAACGCCCTGCTCAAAAGCCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTGGCGGCAGGTTCGCCATTGATGGCGGTCAGCCTGCAGGCGCAGGGGGTTCGCGAGCAACGCGCGCTGGTAACCGACGGGGTGAAGAAG > NC_002947/2228257‑2228553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |