| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,298,647 | G→A | 5.3% | D506D (GAC→GAT) | sbcC ← | exonuclease subunit SbcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,298,647 | 0 | G | A | 5.3% | 396.6 / 8.0 | 132 | D506D (GAC→GAT) | sbcC | exonuclease subunit SbcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/57); new base A (3/4); total (71/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AGTTGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGC > NC_002947/2298498‑2298795 | gTTGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGt > 1:2942416/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGa < 1:662283/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGTAGGTCGAt < 2:677408/150‑1 (MQ=255) 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tgctgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGt > 1:2116592/1‑150 (MQ=255) tgctgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGt > 2:1234020/1‑150 (MQ=255) tgctgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGt > 2:1390890/1‑150 (MQ=255) tgcCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCg > 2:2909048/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGc > 2:988983/1‑150 (MQ=255) 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aCATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctgggc > 1:1944292/1‑124 (MQ=255) cATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCgcgc < 1:1532993/85‑1 (MQ=255) cATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGcc > 2:2274009/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctgggcct > 1:123794/1‑124 (MQ=255) tGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCt < 2:686250/150‑1 (MQ=255) cctggccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCt > 2:2713585/5‑150 (MQ=255) ccgccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGAATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTg < 2:116044/150‑1 (MQ=255) gccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGt > 1:2666475/1‑150 (MQ=255) ccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCg < 1:1107495/66‑1 (MQ=255) ccgAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTc > 2:1841057/1‑150 (MQ=255) ccgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCGTTGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTc > 1:2334846/1‑150 (MQ=255) ctaGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCa < 1:1137780/148‑1 (MQ=255) cgAGCAGATCGACCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCctg > 1:996083/1‑103 (MQ=255) gAGCAGGTCGATCTGCTCGGTCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAg < 2:641223/150‑1 (MQ=255) ggTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGc < 1:569047/150‑1 (MQ=255) ggTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGc > 1:1046764/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctgg > 2:2041316/1‑106 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTggcctgg < 1:2041316/106‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTtctc > 2:894940/1‑131 (MQ=255) gTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTtctc < 1:894940/131‑1 (MQ=255) | AGTTGCTGGCGTTGCAGCATGGCCTGCTGCTGCCGTTCGCGCAGGGCATCCAGCTGCTGGCGCAGCTCCTGTTCACGGCCGTGCAGGCGTGACATTTCCTCTACGGCGCGCTGCTGTTTGCGGTTGTCCTGCAACATGCCGCCGAGCAGGTCGATCTGCTCGGCCAGGGCCTGGGGTTCGGCCTTGGCTTCACGGAACAACAGGTCGTAGGCGTCGCGCTCGGCCTGCAAGCGCGCATTGGCCTGGCTGGCCTGGGCCTGCAGGCCGGGTAGCTCTTCTCGGCCCTTGGTCAGCCGGC > NC_002947/2298498‑2298795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |