| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,318,705 | C→T | 8.7% | R302C (CGC→TGC) | PP_2039 → | acyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,318,705 | 0 | C | T | 8.7% | 346.4 / 15.5 | 124 | R302C (CGC→TGC) | PP_2039 | acyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/54); new base T (6/5); total (65/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
ATTGCCCCACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGGCTGCTGCGT > NC_002947/2318556‑2318854 | aTTGCCCCACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCAc > 2:197209/1‑150 (MQ=255) cccACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACgcagc > 2:1838994/1‑150 (MQ=255) ccACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACgcagca > 1:1845320/1‑150 (MQ=255) cACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCAt > 1:2402397/1‑150 (MQ=255) aCCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGCCTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATg < 1:2589157/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATAGCCTCTGACCGCACGCGCAAGCCGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATg < 2:1120980/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCACCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGt > 2:2641123/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTc < 2:602906/150‑1 (MQ=255) tGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCGTGCAGCATgca > 2:50223/1‑143 (MQ=255) tGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCGTGCAGCATgca < 1:50223/145‑3 (MQ=255) gccggccTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCa > 2:849795/1‑145 (MQ=255) gccggccTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCa > 2:2696518/1‑150 (MQ=255) cggccTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGc > 2:369922/1‑150 (MQ=255) 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cGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACAcggcgg > 1:309550/1‑150 (MQ=255) gCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACAcggc < 1:1166087/142‑1 (MQ=255) gCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACAcggc > 2:1166087/1‑142 (MQ=255) gCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATACCCCCAACTTCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCgg > 1:2090743/1‑150 (MQ=255) ccATGCTGCGTGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGt > 2:1542048/2‑145 (MQ=255) ccATGCTGCGTGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGt > 2:120180/2‑145 (MQ=255) ccATGCTGCGTGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGt < 1:120180/144‑1 (MQ=255) ccATGCTGCGTGCAGCATGGTATACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGt < 1:1542048/144‑1 (MQ=255) cATGCTGCGTGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTcc > 1:778315/1‑109 (MQ=255) cATGCTGCGTGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTca < 2:778315/109‑2 (MQ=255) cATGCTGCGTGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATAACCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGGGCCggg > 1:456856/1‑150 (MQ=255) tgctgcACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgct > 1:2877012/1‑150 (MQ=255) tgcACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctgct > 1:2098319/1‑150 (MQ=255) tgcACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGAAGACGGCGGCCATAGCTGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctgct > 1:2364997/1‑150 (MQ=255) cGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGGCTGCTGCGt < 2:2290004/150‑1 (MQ=255) | ATTGCCCCACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCACGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGGCTGCTGCGT > NC_002947/2318556‑2318854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |