| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,342,145 | C→A | 6.1% | intergenic (+17/‑47) | yraO → / → PP_2058 | transporter YraO/porin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,342,145 | 0 | C | A | 6.1% | 505.5 / 9.1 | 154 | intergenic (+17/‑47) | yraO/PP_2058 | transporter YraO/porin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/73); new base A (5/5); total (76/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CCTGCTGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAG > NC_002947/2341996‑2342290 | ccTGCTGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGcgccgc > 1:2150491/1‑150 (MQ=255)ccTGCTGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTAACCTCGCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGcgccgc < 2:2123289/150‑1 (MQ=255) gtggGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGAGCGGCGccct < 2:2941017/150‑2 (MQ=255) 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cACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTc > 1:1744350/1‑139 (MQ=255) cagcggggCGCCGAGCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGTTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGc > 2:1474281/6‑150 (MQ=255) aCCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCAGCGTGTG‑GGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGc > 1:966946/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAAc < 1:10471/55‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAtt < 1:1326294/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAtt > 2:1326294/1‑69 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCAGCCGGTTTCATCGAAGACAGcaa > 1:9776/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGAGCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGaa > 1:2725923/1‑138 (MQ=255) gcgcCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGtt > 1:2099811/1‑129 (MQ=255) | CCTGCTGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAG > NC_002947/2341996‑2342290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |