| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,764,416 | G→A | 6.1% | A210V (GCA→GTA) ‡ | PP_2418 ← | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,764,416 | 0 | G | A | 6.1% | 396.2 / 8.1 | 128 | A210V (GCA→GTA) ‡ | PP_2418 | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/64); new base A (4/4); total (60/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GTCGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGG > NC_002947/2764268‑2764564 | gTCGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgc > 2:2792978/1‑150 (MQ=255) tCGGCGACACCCTGGTGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgcc > 1:2706021/1‑150 (MQ=255) cGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgccg < 1:2792978/150‑1 (MQ=255) gCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgccgcg > 2:2051608/1‑150 (MQ=255) gACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgccgcgcc > 1:1273644/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGGGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCGGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGt > 1:2575817/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTc < 1:1182564/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTcc > 1:907136/1‑150 (MQ=255) cggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGt > 1:1663417/1‑150 (MQ=255) ccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGa > 2:566826/1‑150 (MQ=255) cacaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGaa < 1:253215/150‑1 (MQ=255) cacaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCAGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGaa < 1:2598906/150‑1 (MQ=255) aTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa < 1:2868082/140‑1 (MQ=255) aGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGAtct > 1:1939793/1‑150 (MQ=255) gggTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCg > 2:1796462/1‑150 (MQ=255) gggTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCg < 1:1552099/150‑1 (MQ=255) ggTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCgg > 1:1114862/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGc < 2:1633856/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGGGCCCTGGCGCCGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGc < 1:693338/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCt < 1:951150/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGct > 1:2406026/1‑150 (MQ=255) cTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTg < 2:1114862/150‑1 (MQ=255) ggAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTa < 2:1595564/150‑1 (MQ=255) ccAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGt < 1:1053454/143‑1 (MQ=255) ccAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGt > 2:1053454/1‑143 (MQ=255) ccAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATTCt < 2:1374472/150‑1 (MQ=255) ccAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCt > 1:1374472/1‑150 (MQ=255) cAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTg > 2:2694404/1‑150 (MQ=255) aGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCt > 2:1054015/1‑130 (MQ=255) aGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCt < 1:1054015/130‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTAc < 1:1925261/150‑1 (MQ=255) cgcCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTg < 1:2694404/150‑1 (MQ=255) cgcCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTg < 1:2849691/150‑1 (MQ=255) ccGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGAtc < 2:123804/107‑1 (MQ=255) 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gcgcCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGc > 2:21252/1‑116 (MQ=255) gcgcCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGc < 1:21252/116‑1 (MQ=255) cgcCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGCCCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAg < 2:2575817/150‑1 (MQ=255) cccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGaa > 1:183123/1‑96 (MQ=255) cccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGaa < 2:183123/96‑1 (MQ=255) ccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGCTGCGTTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTcc > 1:2831454/1‑150 (MQ=255) cTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCg > 1:962006/1‑150 (MQ=255) cTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCATCggactgcg > 2:2129656/1‑143 (MQ=255) ttGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGa < 1:3009906/150‑1 (MQ=255) gccaTTCGGCGATGAGTGCCGCGCCGACATCCTCAACGTCCACGATGGCCGAGATGGCGCTGACGCTCTTGTAGAAGGTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTGGCCCTCGCAGTCCGATg < 2:79968/147‑1 (MQ=255) cAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCAGGCCCTCGCAGTCCGATgg < 2:2575247/150‑1 (MQ=255) aaTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgc < 2:2406026/150‑1 (MQ=255) cttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGc > 2:832486/2‑95 (MQ=18) cttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGc < 1:832486/94‑1 (MQ=18) ttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt > 1:3012773/1‑145 (MQ=38) ttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt < 2:3012773/145‑1 (MQ=38) tCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgcagc < 1:1875705/150‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACg > 1:2242114/1‑150 (MQ=255) acGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACg > 1:1660802/2‑150 (MQ=255) ttCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAg > 2:382690/1‑150 (MQ=255) | GTCGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGG > NC_002947/2764268‑2764564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |