| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,764,422 | C→G | 5.9% | G208A (GGC→GCC) | PP_2418 ← | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,764,422 | 0 | C | G | 5.9% | 410.3 / 13.1 | 128 | G208A (GGC→GCC) | PP_2418 | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/64); new base G (4/4); total (60/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTT > NC_002947/2764274‑2764570 | gACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgccgcgcc > 1:1273644/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTc < 1:1182564/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTcc > 1:907136/1‑150 (MQ=255) gccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAAc < 2:792614/150‑1 (MQ=255) gccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAAc < 2:1075613/150‑1 (MQ=255) cggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGt > 1:1663417/1‑150 (MQ=255) ccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGa > 2:566826/1‑150 (MQ=255) cacaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGaa < 1:253215/150‑1 (MQ=255) cacaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCAGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGaa < 1:2598906/150‑1 (MQ=255) acaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAg > 1:2978907/1‑150 (MQ=255) aTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa < 1:2868082/140‑1 (MQ=255) aTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa > 2:2868082/1‑140 (MQ=255) aGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGAtct > 1:1939793/1‑150 (MQ=255) gggTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCg < 1:1552099/150‑1 (MQ=255) gTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCGGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGc < 1:1964351/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGc < 2:1633856/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGGGCCCTGGCGCCGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGc < 1:693338/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCt < 1:951150/150‑1 (MQ=255) 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aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCTCAGTCCGATGgca < 2:2662320/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgca < 2:2782598/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgca < 1:2810551/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGTTCAGTGCAGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTGCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCACGCGCGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCTTTGCCCTCCCAGTCCGATGgcag > 2:1012004/1‑150 (MQ=255) ttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt > 1:3012773/1‑145 (MQ=38) ttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt < 2:3012773/145‑1 (MQ=38) acGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACg > 1:1660802/2‑150 (MQ=255) gTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATTGCAGCACGTa > 2:361264/1‑150 (MQ=255) ttCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGGAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAg < 2:2120090/150‑1 (MQ=255) ttCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAg > 2:382690/1‑150 (MQ=255) caggaccgcggcgcgGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCtt > 2:1044875/6‑120 (MQ=255) caggaccgcggcgcgGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCtt < 1:1044875/115‑1 (MQ=255) tGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTggg < 1:1796462/150‑1 (MQ=255) ccgcgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGa < 1:1854080/150‑1 (MQ=255) ccgcgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGa > 1:2721064/1‑150 (MQ=255) cgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTc > 2:1198864/1‑124 (MQ=255) cgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTc < 1:1198864/124‑1 (MQ=255) gccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCtt < 1:2051608/150‑1 (MQ=255) | GACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTT > NC_002947/2764274‑2764570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |