| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,764,429 | C→A | 7.2% | D206Y (GAC→TAC) ‡ | PP_2418 ← | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,764,429 | 0 | C | A | 7.2% | 443.4 / 14.4 | 138 | D206Y (GAC→TAC) ‡ | PP_2418 | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/71); new base A (5/5); total (62/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTC > NC_002947/2764280‑2764576 | cTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGTCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTc < 1:1615135/150‑1 (MQ=255)cTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTc < 1:1182564/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTcc > 1:907136/1‑150 (MQ=255) gcggcCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTg < 2:907136/150‑1 (MQ=255) gccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAAc < 2:792614/150‑1 (MQ=255) gccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAAc < 2:1075613/150‑1 (MQ=255) cggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGt > 1:1663417/1‑150 (MQ=255) ccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGa > 2:566826/1‑150 (MQ=255) cacaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGaa < 1:253215/150‑1 (MQ=255) acaTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAg > 1:2978907/1‑150 (MQ=255) aTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa > 2:2868082/1‑140 (MQ=255) aTAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa < 1:2868082/140‑1 (MQ=255) aGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGAtct > 1:1939793/1‑150 (MQ=255) gggTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCg > 2:1796462/1‑150 (MQ=255) gTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCGGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGc < 1:1964351/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGc < 2:1633856/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGGGCCCTGGCGCCGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGc < 1:693338/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCt < 1:951150/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGct > 1:2406026/1‑150 (MQ=255) cTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTg < 2:1114862/150‑1 (MQ=255) tGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATCCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCCAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGt < 2:1335603/150‑1 (MQ=255) ccAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGt < 1:1053454/143‑1 (MQ=255) ccAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATTCt < 2:1374472/150‑1 (MQ=255) 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> 2:2170918/1‑150 (MQ=255) cgcCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTg < 1:2694404/150‑1 (MQ=255) gcCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTgg > 1:2662320/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGAtc < 2:123804/107‑1 (MQ=255) aGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGc < 1:2452234/150‑1 (MQ=255) ttGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGc > 1:202337/1‑132 (MQ=255) 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ccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGCTGCGTTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTcc > 1:2831454/1‑150 (MQ=255) cTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCg > 1:962006/1‑150 (MQ=255) gccaTTCGGCGATGAGTGCCGCGCCGACATCCTCAACGTCCACGATGGCCGAGATGGCGCTGACGCTCTTGTAGAAGGTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTGGCCCTCGCAGTCCGATg < 2:79968/147‑1 (MQ=255) cAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCAGGCCCTCGCAGTCCGATgg < 2:2575247/150‑1 (MQ=255) aaTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgc < 2:2406026/150‑1 (MQ=255) cttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGc < 1:832486/94‑1 (MQ=18) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCTCAGTCCGATGgca < 2:2662320/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgca < 1:2810551/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgca < 2:2782598/150‑1 (MQ=255) ttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt < 2:3012773/145‑1 (MQ=38) ttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt > 1:3012773/1‑145 (MQ=38) tCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgcagc < 1:1875705/150‑1 (MQ=255) gTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATTGCAGCACGTa > 2:361264/1‑150 (MQ=255) caggaccgcggcgcgGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCtt > 2:1044875/6‑120 (MQ=255) caggaccgcggcgcgGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCtt < 1:1044875/115‑1 (MQ=255) gTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTgg < 1:1421417/150‑1 (MQ=255) ccgcgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGa > 1:1729423/1‑150 (MQ=255) ccgcgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGa > 1:2721064/1‑150 (MQ=255) cgccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTc < 1:1198864/124‑1 (MQ=255) gccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCtt < 1:2051608/150‑1 (MQ=255) cgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGTGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCa < 2:1843427/150‑1 (MQ=255) gcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAg < 1:566140/150‑1 (MQ=255) gcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAg < 2:716994/150‑1 (MQ=255) cgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGc > 2:1240557/1‑150 (MQ=255) | CTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTC > NC_002947/2764280‑2764576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |