| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,868,532 | G→T | 6.7% | intergenic (+28/‑903) | PP_2520 → / → PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,868,532 | 0 | G | T | 6.7% | 340.2 / 6.9 | 104 | intergenic (+28/‑903) | PP_2520/PP_2522 | hypothetical protein/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/44); new base T (3/4); total (56/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGC > NC_002947/2868392‑2868680 | cgcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAagaaga < 2:2002153/150‑1 (MQ=255)cgcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAagaaga < 1:2261872/150‑1 (MQ=255) gcgTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGACGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGAc < 1:422208/150‑1 (MQ=255) gTCAAGCTGTGCCGCTGGGCAACAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTAGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGTTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTg < 2:1935523/150‑1 (MQ=255) tCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCACAATGACTGc < 1:2574464/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCTTGACGAAGACTgag < 1:266977/150‑3 (MQ=255) aaGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGccc > 1:2119419/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTc > 1:911022/1‑150 (MQ=255) 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tctcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACgaga < 2:2671235/90‑1 (MQ=255) tctcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACgaga > 1:2671235/1‑90 (MQ=255) ctcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgct > 2:1060676/1‑150 (MQ=255) ctcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgct < 2:2776945/150‑1 (MQ=255) tcCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctg > 2:3027020/1‑150 (MQ=255) cccGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctgg < 1:3027020/150‑1 (MQ=255) cccGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctgg < 1:2683050/150‑1 (MQ=255) ccGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCgctggc < 2:2961677/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGa < 1:576846/131‑1 (MQ=255) cGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGa > 2:576846/1‑131 (MQ=255) cTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCgaa > 1:645488/1‑91 (MQ=255) cTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCgaa < 2:645488/91‑1 (MQ=255) cTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGa > 2:2567146/1‑150 (MQ=255) tCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGCCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGAc > 2:3058013/1‑150 (MQ=255) gcAGTCTTCTTGACGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAgg < 1:332213/114‑1 (MQ=255) gcAGTCTTCTTGACGAAGACTGCCCCTCGCCGCCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAgg > 2:332213/2‑115 (MQ=255) aGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGt < 1:2884366/150‑1 (MQ=255) tCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTg > 1:2827075/1‑101 (MQ=255) tCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGc > 1:156069/1‑150 (MQ=255) ttCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCg < 2:1093095/150‑1 (MQ=255) cGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGc > 2:2066608/1‑150 (MQ=255) gTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCt < 1:656130/117‑1 (MQ=255) gTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCt > 2:656130/1‑117 (MQ=255) | CGCGTCAAGCTGTGCCGCTCGGCAGCAAGCTGTTGGCCTGTAAAAGACCTCATGCGCTGCTGGCGTTGTCAGGCTTCCTGGTGATGATGACGCTTATGGTGATTTGTTTCTGAATGTGTGATCTCTCCCGCTCAGTCTTCGTCAAGAAGACTGCCCCTCGCCGTCGTCTGGGGATTGATACAGGGCCTTCCATGCAAACGCTGTTGAACGAGATTCTCGAAGAAGTACGTCCCTTGATCGGCAAGGGCAAAGTCGCTGACTACATTCCCGCGCTGGCTGACGTGCCGGC > NC_002947/2868392‑2868680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |