| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 226,907 | C→G | 6.0% | A61G (GCC→GGC) | PP_0175 → | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 226,907 | 0 | C | G | 6.0% | 474.2 / 18.3 | 149 | A61G (GCC→GGC) | PP_0175 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/79); new base G (4/5); total (65/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCC > NC_002947/226758‑227055 | gCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCGGTGGCCCAGGCCGCCGGcc < 1:2872534/150‑1 (MQ=255) ccTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCt < 2:1820611/150‑1 (MQ=255) ccTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGAGACCATGAGCTAGCACCTTTACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCACGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCt < 1:687651/150‑1 (MQ=255) cTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTg < 2:502121/150‑1 (MQ=255) ggTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGa < 2:1241863/150‑1 (MQ=255) gTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGTCCAGGCCGGCGGCCTgggc < 2:163963/150‑3 (MQ=255) tAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGaaa < 1:2631890/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATCCCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTgggccaca < 1:817813/150‑7 (MQ=255) 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cTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCg > 1:777916/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGa > 1:1782808/1‑150 (MQ=255) gctttccAGGCCGGCGGCCTGGGAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGaa > 1:1720407/6‑150 (MQ=255) tttccAGGCCGGCGGCCTGGGAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAgg > 1:1074257/4‑110 (MQ=255) tttccAGGCCGGCGGCCTGGGAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAgg < 2:1074257/107‑1 (MQ=255) ttccAGGCCGGCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGgtgt < 2:229701/71‑1 (MQ=255) ttccAGGCCGGCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGgtgt > 1:229701/3‑73 (MQ=255) gCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGcc > 1:2707515/1‑133 (MQ=255) gCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGc < 2:2997871/143‑1 (MQ=255) gCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGc > 1:2997871/1‑143 (MQ=255) ccAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGc > 2:1800079/1‑79 (MQ=255) ccAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGt > 1:983461/1‑133 (MQ=255) aGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTg < 2:1648519/150‑1 (MQ=255) gccgccGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGaa < 2:777916/150‑1 (MQ=255) ttccgGGCTGAAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACGGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGc < 1:169741/148‑1 (MQ=255) gccgGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGACGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGcc < 2:2721305/150‑1 (MQ=255) ccgGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTgg < 1:2295338/132‑1 (MQ=255) | CAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGT‑GCACCAGGTGGCTGTGGCCCAGGCCGCCGGCCTGGAAAGCCCGTCGCTGGTACGCCTGCTTGACCAACTGTGCAAAGCTGGCCTGGTGTGCCGCAGCGAAGACCCACTGGATCGCCGCGCCAAGGCACTGCGCCTGACTGCCGAAGGCCGTGCCCTGGCCGAAGCCATTGAAGCC > NC_002947/226758‑227055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |