| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 274,785 | T→G | 6.7% | D388A (GAC→GCC) | PP_0222 ← | DszA family monooxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 274,785 | 0 | T | G | 6.7% | 320.9 / 12.3 | 114 | D388A (GAC→GCC) | PP_0222 | DszA family monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/51); new base G (5/3); total (60/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGGTGGTCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTG > NC_002947/274638‑274932 | gggTGGTCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCCGGAGCCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTcc > 1:3023312/1‑150 (MQ=255) ggtggtCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCa < 2:3047579/150‑1 (MQ=255) ggtCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGc < 1:619812/150‑1 (MQ=255) gtCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGcc > 2:2669143/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCg < 2:1857391/150‑1 (MQ=255) gCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGtt < 1:1479815/150‑1 (MQ=255) ggAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt < 2:802780/150‑1 (MQ=255) ggAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt < 1:1973881/150‑1 (MQ=255) gAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTcc > 2:1490100/1‑136 (MQ=255) gAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTcc < 1:1490100/136‑1 (MQ=255) ttCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCAcgc < 1:1874172/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGAt > 1:1882885/1‑150 (MQ=255) cgcAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATc > 2:2869927/1‑150 (MQ=255) 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< 2:1018394/77‑1 (MQ=255) | GGGTGGTCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTG > NC_002947/274638‑274932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |