| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,418,562 | G→A | 6.9% | intergenic (‑108/+51) | prtN ← / ← PP_3032 | transcriptional regulator PrtN/DNA‑binding protein Roi‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,418,562 | 0 | G | A | 6.9% | 372.2 / 10.9 | 127 | intergenic (‑108/+51) | prtN/PP_3032 | transcriptional regulator PrtN/DNA‑binding protein Roi‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/60); new base A (5/4); total (63/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CGTGCGGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGATT > NC_002947/3418415‑3418710 | ggCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTgcg > 1:2713785/1‑150 (MQ=255) cgcAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAACGCTGCGctccag < 2:1505609/150‑3 (MQ=255) cAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCAGGAGCGCAACGCTGCGctccagga < 1:2642836/150‑5 (MQ=255) gcgcGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACgg < 2:240615/150‑1 (MQ=255) ctaTTTTATTTGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAATTGATCTCTCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGtt < 1:1225281/148‑1 (MQ=255) cgttttGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGtt > 1:3068036/4‑150 (MQ=255) tttGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTgc < 2:2029926/133‑1 (MQ=255) ttGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCATCTCGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTg < 1:1491608/150‑1 (MQ=255) ggTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTgga < 2:2919325/150‑1 (MQ=255) ggTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTgga < 1:1879449/150‑1 (MQ=255) gTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTggag > 1:213797/1‑150 (MQ=255) gTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTggag > 1:1854886/1‑150 (MQ=255) cTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTg > 1:320378/1‑150 (MQ=255) tcatcaGGATTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTgg > 2:765203/1‑150 (MQ=255) atcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTgga > 2:1000/1‑140 (MQ=255) atcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTgga < 1:1000/140‑1 (MQ=255) atcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGc > 1:3033503/1‑150 (MQ=255) atcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGc > 1:2182918/1‑150 (MQ=255) atcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGc > 2:1771710/1‑150 (MQ=255) tcaGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGcc < 1:811213/150‑1 (MQ=255) caGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAAGTGGAGCAACTGGGCcg > 2:1709444/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACGGTTTCCGGCCATCCTTACGGTACCTGCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGACACTTGGGGCCGCGt > 1:995825/1‑150 (MQ=255) cTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAACGCTGCGctccaggag > 1:176919/1‑115 (MQ=255) cTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAACGCTGCGctccaggag < 2:176919/120‑6 (MQ=255) cTTCGGGCTCTCCCCGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTa < 1:213255/150‑1 (MQ=255) ttCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTAc > 2:1737596/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACt < 1:279985/150‑1 (MQ=255) tCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACt < 2:829585/150‑1 (MQ=255) gggCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGc < 2:326604/150‑1 (MQ=255) ggCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGcc > 1:722221/1‑150 (MQ=255) ctcCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAgg < 2:101714/150‑1 (MQ=255) tcCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGc > 2:2608856/1‑150 (MQ=255) cccTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGcc < 1:2884502/150‑1 (MQ=255) cccTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGcc < 1:2299586/150‑1 (MQ=255) 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ggTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCggtggt < 2:1628657/150‑1 (MQ=255) ggTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCACTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCggtggt < 1:381683/150‑1 (MQ=255) tGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGgtgt < 1:554452/150‑1 (MQ=255) aGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGaa < 1:206159/150‑1 (MQ=255) gATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGtt < 2:1854886/150‑1 (MQ=255) 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aCCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCtt < 1:47016/150‑1 (MQ=255) ctcctGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGATGGCCCTGGCCCTCGGACGCCCGGGCCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCa < 1:1135403/150‑1 (MQ=255) cgtgaggAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCa > 1:2071764/6‑150 (MQ=255) ctGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGCTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCGAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGCGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCTAGACGTGCTGCTAGCCAGGGGATCGCGGCCTGCTTCAcgc > 2:2967198/1‑150 (MQ=255) tGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGtt > 2:1212768/1‑116 (MQ=255) tGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGtt < 1:1212768/116‑1 (MQ=255) tGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCAcgcg > 2:1118291/1‑150 (MQ=255) ggAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCgt < 1:1118291/150‑1 (MQ=255) ggAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGc > 2:354240/1‑141 (MQ=255) ggAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGc < 1:354240/141‑1 (MQ=255) gAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCTGGCCTGCTTCACGCgtg > 2:2846948/1‑150 (MQ=255) gAGCGCAACGCTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCgtg > 2:1135209/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTc > 1:2186807/1‑150 (MQ=255) | CGTGCGGCAGGCGCAGCGCGATTTGATTGGTATTGCTCATCAGGCTTCGGGCTCTCCCTGAGCTTGTGGCGTGACGGATGGTGCCAAGTGATCTCGCAGTGCTTGCGTACCAGGTCGCGCCATTCTTCAGGAACCTCCTGGAGCGCAGCGTTGCGCTCCTCACGGGTTTTGAACTGGAGGATCTGGGCCGCGTACTGCCTAGGCCGCATAGCGCTTGTCTTCCGGTGGTGTCGGAAGTTGCAGGTCGAGACGTTCTGCTAGCCAGGGGATCCCGGCCTGCTTCACGCGTGTCGATT > NC_002947/3418415‑3418710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |