Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 3,528,036 | A→G | 6.1% | S402G (AGC→GGC) | imuB → | DNA repair DNA linked protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,528,036 | 0 | A | G | 6.1% | 290.8 / 4.9 | 97 | S402G (AGC→GGC) | imuB | DNA repair DNA linked protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/53); new base G (4/2); total (42/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
AACCCTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCC > NC_002947/3527887‑3528183 | aaCCCTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCa < 1:1788457/150‑1 (MQ=255) gggCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTAAAGGGGCATGGCGCAGCCGCCGATCACCGCGCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCTCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAgccacc > 2:985437/1‑150 (MQ=255) gcAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCggg > 2:1345270/1‑150 (MQ=255) gcAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCggg < 1:2811067/150‑1 (MQ=255) gcAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCggg < 1:2714485/150‑1 (MQ=255) gcAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCggg < 1:1789555/150‑1 (MQ=255) aaTTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGt > 1:513600/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTgg < 2:1416191/150‑1 (MQ=255) 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gCGGTTGCCCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGAGCCGGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCANGGCAACATGNCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTc < 1:985437/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGAACACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCg < 2:371308/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCAc < 2:712755/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCAc < 2:651718/150‑1 (MQ=255) gcgcCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCACCCCGGGCGGCtgcccg > 2:407717/1‑137 (MQ=255) 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gggTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGACGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTcg < 2:769362/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTcgc < 2:1795727/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTcgc < 2:1637587/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGacta < 2:2036651/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGacta > 1:390177/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGTAGCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGactac > 1:1753781/1‑150 (MQ=255) gggaaCATGCTGGTGGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACtactac < 2:1753781/147‑1 (MQ=255) aTGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATg > 1:2706765/1‑88 (MQ=255) aTGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATg < 2:2706765/88‑1 (MQ=255) aTGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGAt < 2:813755/126‑1 (MQ=255) aTGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGAt > 1:813755/1‑126 (MQ=255) gCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGt < 1:541359/150‑1 (MQ=255) cccGGGCGGCTGCCCGGTGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAAc > 2:1049737/2‑83 (MQ=255) cccGGGCGGCTGCCCGGTGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAAc < 1:1049737/82‑1 (MQ=255) cccGGGCGGCTGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGa > 1:172585/2‑150 (MQ=255) aCCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGa > 2:347041/1‑150 (MQ=255) aCCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACAGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGACGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGtca > 1:565233/1‑148 (MQ=255) ccGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGCTCGCGCGGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGAATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGAc > 2:1446479/1‑150 (MQ=255) cGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACg > 1:1058623/1‑150 (MQ=255) cGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACg > 1:1342464/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGcc < 2:402351/150‑1 (MQ=255) | AACCCTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGACGGCC > NC_002947/3527887‑3528183 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |