| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,694,072 | T→G | 5.0% | R713R (CGA→CGC) | ligD ← | DNA ligase D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,694,072 | 0 | T | G | 5.0% | 349.4 / 5.9 | 118 | R713R (CGA→CGC) | ligD | DNA ligase D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/60); new base G (4/2); total (56/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGCAGGGTCAGGGTCCAG > NC_002947/3693927‑3694218 | cgcCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGATGCCCCCGTTTACCTCGTCCCACCCGGCTCGcc < 1:1617833/150‑1 (MQ=255) gcCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCg > 1:1489774/1‑150 (MQ=255) gcCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCg > 2:2790738/1‑150 (MQ=255) cGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAgg < 1:1117996/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGca < 2:2426601/150‑1 (MQ=255) gcAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCATGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGCGCCGTAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACaa < 1:2859646/150‑1 (MQ=255) gcAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACaa > 1:376413/1‑150 (MQ=255) gcAGGTAGGCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCCCCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACaa < 2:1312451/150‑1 (MQ=255) gTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCgg > 2:1699525/1‑133 (MQ=255) attctaTGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCCACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGt < 1:113039/145‑1 (MQ=255) gTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTg < 1:2346637/150‑1 (MQ=255) tCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGa > 1:1505518/1‑150 (MQ=255) cGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGaa > 2:1984891/1‑150 (MQ=255) cGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGaa < 2:282793/150‑1 (MQ=255) gATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAAt > 1:1013747/1‑150 (MQ=255) aaTGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCtt < 1:734638/150‑1 (MQ=255) aaTGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCtt < 1:2440466/150‑1 (MQ=255) tGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGc > 2:2166460/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGtttt < 2:2230931/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAg < 2:1674685/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAg < 2:1505518/150‑1 (MQ=255) cGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCAACACTGGTTTTCAGGaa < 1:2581887/150‑1 (MQ=255) gCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAaca > 2:1165406/1‑150 (MQ=255) 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tCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTgg > 1:1760324/1‑58 (MQ=255) tCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTgg < 2:1760324/58‑1 (MQ=255) tCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGc > 1:2147760/1‑116 (MQ=255) cttgaCCCGGCGAGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGa < 1:494920/96‑1 (MQ=255) cttgaCCCGGCGAGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGa > 2:494920/5‑100 (MQ=255) cttgaCCCGGCGAGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGcagggtca > 2:759639/5‑150 (MQ=255) cccACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGcagggtcag > 2:2390143/1‑150 (MQ=255) 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tCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGcagggtcagg > 1:493096/1‑141 (MQ=255) | CGCCCTTGCCGTTGCGCAGGTAGTCGATGAAAATGCGTCCCACGCGATTTTTCGGCCCCGACACCGCGCTCAGGCGCTCCGGAAACAGCTTGGCCAGGTAATTGACGATGGCGTGGCTGAAGTCCTTGACCTCGTCCCACCCGGCTCGCCGGGTCAAGGGCACAACCACGTGAATACCCTTGCCACCACTGGTTTTCAGGAACACCTTCAGGCCCAGTTCGTCCAGCAGGGTGAGGGTCAGTTGGGTCGCCTCCACCATGGCCTTCCAGGGCAGCGCAGGGTCAGGGTCCAG > NC_002947/3693927‑3694218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |