| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,926,267 | C→T | 6.3% | A90T (GCC→ACC) | peaA ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,926,267 | 0 | C | T | 6.3% | 380.4 / 9.4 | 127 | A90T (GCC→ACC) | peaA | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/57); new base T (4/4); total (66/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTCAGCAGCG > NC_002947/3926118‑3926416 | gTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGc < 2:1795167/150‑1 (MQ=255) cTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGAt > 1:1134025/1‑150 (MQ=255) tCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATg < 1:2843005/150‑1 (MQ=255) gACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGGGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCGCCCGCATGCAGGTGAt < 1:312331/147‑1 (MQ=255) gACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCGCCCGCATGCAGGTGAt > 2:137946/1‑147 (MQ=255) gACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCGCCCGCATGCAGGTGAt < 1:137946/147‑1 (MQ=255) tGAGCCGAAGCTCCATGGCGTTGCGA‑ACGCACTGGGTTTCGCAGGCCGCGAGTATCGGTTGGCCGGCTAGGGATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATcagcc < 2:1439776/150‑1 (MQ=255) gCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATcagccagc > 2:1552813/1‑150 (MQ=255) 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c‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCtggtg > 2:1285767/1‑150 (MQ=255) c‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCACATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCtggtg < 2:2553644/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACGAGCGTGCGACGATCGTCGTTGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGAGCGATGCGCATCAGCCCGCCTTCCAGTGTCTTGCGCTGGTGGCt > 2:232333/1‑150 (MQ=255) aTCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCgg > 2:2127120/1‑129 (MQ=255) aTCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCgg < 1:2127120/129‑1 (MQ=255) tCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATcagcca < 2:719564/119‑1 (MQ=255) 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tGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCGTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGa < 2:1986999/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGat > 1:1294381/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGatat < 1:2127193/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATgg < 2:3025556/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGACCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCtgg > 2:1701223/1‑108 (MQ=255) gCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGACCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCtgg < 1:1701223/108‑1 (MQ=255) 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cTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTc > 2:2922127/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCg > 2:2225086/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCgg < 1:666400/77‑1 (MQ=255) aaGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGgc > 1:2213705/1‑150 (MQ=255) ggCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGgccg > 1:1553506/1‑150 (MQ=255) ccATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTc < 1:1277241/120‑1 (MQ=255) ccATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTc > 2:1277241/1‑120 (MQ=255) atgagCATCGCCCGCATGCAGGTGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCgg < 1:2461592/90‑1 (MQ=37) cATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAg > 2:1469539/1‑127 (MQ=255) cATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAg < 1:1469539/127‑1 (MQ=255) cATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGGCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCggaagacc > 2:2174838/1‑144 (MQ=255) aTGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCgg < 1:307533/92‑1 (MQ=255) tGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATg < 1:1032539/150‑1 (MQ=255) tCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCt > 1:2581240/1‑150 (MQ=255) aCCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGtt < 2:703743/110‑1 (MQ=255) aCCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTgg < 2:2251153/150‑1 (MQ=255) aCCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTgg < 2:304692/150‑1 (MQ=255) aCCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTCCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTgg < 2:2213705/150‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTc > 2:2313031/1‑110 (MQ=255) cTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTc > 1:1787020/1‑109 (MQ=255) cTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTc < 2:1787020/109‑1 (MQ=255) cTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGt > 2:400682/1‑150 (MQ=255) tGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTca < 2:1164223/150‑1 (MQ=255) tGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTca < 2:2581240/150‑1 (MQ=255) gggCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTcagca < 1:1122331/150‑1 (MQ=255) gggCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTcagca > 2:2086837/1‑150 (MQ=255) ggCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTcagcag > 1:1929721/1‑150 (MQ=255) cGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCGCagcagca < 2:777288/150‑2 (MQ=255) | GTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGCTGGTGGCTGATGCGGCTATAGGTGTCGTTGCCTTCGGGGATATGGCACCCCATGCACTTGTTCTGCAACAGGCTCGGGCCCTGCTCGGCCGCCATGGCCTGGGTGCTCAGCAGCG > NC_002947/3926118‑3926416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |