| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,159,187 | C→T | 5.6% | intergenic (+91/‑118) | PP_3661 → / → PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,159,187 | 0 | C | T | 5.6% | 340.4 / 4.8 | 115 | intergenic (+91/‑118) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/51); new base T (4/3); total (61/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATG > NC_002947/4159047‑4159329 | ttGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 1:1066152‑M2/1‑141 (MQ=255)ttGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 1:2913181‑M2/1‑141 (MQ=255) ggCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagc > 1:1938685‑M2/1‑139 (MQ=255) 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cccTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTACGCGCGGGTTTACGCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCAAAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCCCATTTCTCTGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACt > 1:728685/1‑150 (MQ=255) cTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTa > 2:1844405/1‑150 (MQ=255) cTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTa > 2:2378707/1‑150 (MQ=255) gAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGa < 2:2667231/150‑1 (MQ=255) gAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGa < 1:3000933/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACg > 2:2725272/1‑150 (MQ=255) ggCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtggtgg < 2:2769472/98‑1 (MQ=255) gCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtggtgg > 2:1624134/1‑97 (MQ=255) gCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtggtgg < 1:1624134/97‑1 (MQ=255) cccTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCAt > 1:1220903/1‑150 (MQ=255) gcgCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTC‑CAGCCAGTCCGCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCaa < 1:1724345/148‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATg > 2:1801000/1‑102 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATg < 1:1801000/102‑1 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATg > 1:2390564/1‑150 (MQ=255) | TTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCC‑CCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATG > NC_002947/4159047‑4159329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |