| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,244,402 | G→C | 5.1% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,402 | 0 | G | C | 5.1% | 436.2 / 9.5 | 136 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/64); new base C (2/5); total (67/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTG > NC_002947/4244253‑4244549 | ggCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCCCCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAgg < 1:972833/150‑1 (MQ=255) gCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGGTACAATCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGc > 1:1617518/1‑150 (MQ=255) aGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGc > 2:1060070/1‑150 (MQ=255) gCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGcc > 2:1751596/1‑150 (MQ=255) cGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCgg < 2:1678415/150‑1 (MQ=255) gTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCggg < 1:1067060/150‑1 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCgggg < 1:1815957/150‑1 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGCCTGCCgggc < 1:1422056/150‑2 (MQ=255) 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acaGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACACCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGAC‑CATG‑CCCGGCTGTCTTCCGGGGCTGACATGCt > 1:2462285/1‑150 (MQ=255) caGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCTACTCGCCCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCCTGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCGCGGC‑CACG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTc < 1:939187/150‑1 (MQ=255) caGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTc < 1:2938217/150‑1 (MQ=255) gAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc > 2:1601298/1‑150 (MQ=255) gAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGGGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc < 2:1443810/150‑1 (MQ=255) 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aaCGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGc > 2:954479/1‑150 (MQ=255) aCGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAg > 1:66300/1‑137 (MQ=255) aCGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAg < 2:66300/137‑1 (MQ=255) gTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAcagc < 2:2490692/63‑1 (MQ=255) tcgCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGc > 2:707281/3‑150 (MQ=255) tGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCt < 1:1185026/150‑1 (MQ=255) gCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTTCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTc < 1:466026/150‑1 (MQ=255) aGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCa > 2:2948370/1‑86 (MQ=255) cgcTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCt > 1:2484189/1‑150 (MQ=255) gcTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTg < 1:1797326/150‑1 (MQ=255) gC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAggg < 1:2949315/150‑1 (MQ=255) c‑cATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCTCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGt > 2:1974688/1‑150 (MQ=255) cATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGCCGGGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt < 1:780273/150‑1 (MQ=255) tG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgt < 2:2763281/150‑1 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCg > 1:1709512/1‑150 (MQ=255) ggCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTg > 1:2684619/1‑114 (MQ=255) ggCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTg < 2:2684619/114‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCATGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCggg > 1:2609391/1‑150 (MQ=255) gCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCGGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGc > 2:1918634/1‑150 (MQ=255) aGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTg < 1:1060070/150‑1 (MQ=255) | GGCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATG‑CCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTG > NC_002947/4244253‑4244549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |