| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,245,027 | T→G | 5.6% | D13A (GAC→GCC) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,245,027 | 0 | T | G | 5.6% | 367.7 / 11.2 | 125 | D13A (GAC→GCC) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/64); new base G (4/3); total (58/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCG > NC_002947/4244879‑4245173 | aTGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCAACGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTc < 2:2118326/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCgg < 2:2058831/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCgg > 1:257424/1‑150 (MQ=255) cgcgcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑Ga < 2:2846585/150‑1 (MQ=255) gCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTg < 1:1815106/150‑1 (MQ=255) cTGTCGATGGCCGCCGCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTgg < 2:2148284/150‑1 (MQ=255) tGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTggg > 2:532485/1‑150 (MQ=255) gTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGt < 2:847096/150‑1 (MQ=255) 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> 1:1711652/1‑132 (MQ=255) ttgtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGt < 2:1711652/132‑1 (MQ=255) tgtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGc < 1:181369/150‑1 (MQ=255) gtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGcc < 2:1115651/150‑1 (MQ=255) tcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAC‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGccc < 2:2054778/150‑1 (MQ=255) ctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCa > 1:287921/1‑150 (MQ=255) 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ggCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCgag > 1:2184185/1‑148 (MQ=255) ggCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGc < 2:1859886/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCg > 2:599555/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCg > 2:3048175/1‑150 (MQ=255) cgcgGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGa < 1:1396080/150‑1 (MQ=255) cgcgGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGa < 1:1029597/150‑1 (MQ=255) gTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACg < 2:231047/130‑1 (MQ=255) gTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACg > 1:231047/1‑130 (MQ=255) gATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGa > 2:2357867/1‑140 (MQ=255) gATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGa < 1:2357867/140‑1 (MQ=255) tCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTg > 1:2907154/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt > 1:2781239/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt < 2:287921/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAg > 2:409087/1‑81 (MQ=255) cAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAtt < 2:1465743/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:1905532/1‑150 (MQ=255) gCAT‑CGCCGGCGACGGC‑GCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 2:2487452/1‑150 (MQ=255) g‑cgcCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCAtc < 2:2781239/150‑1 (MQ=255) atcgcCGGCGACGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt < 2:2571724/109‑1 (MQ=255) atcgcCGGCGACGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt > 1:2571724/3‑111 (MQ=255) gcCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCAtctc > 2:2085374/1‑150 (MQ=255) gcCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGCGCTGGAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCAtctc > 1:2337003/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCg > 1:2449844/1‑150 (MQ=255) cGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGccc > 1:656925/1‑98 (MQ=255) | ATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCG > NC_002947/4244879‑4245173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |