| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,245,030 | C→A | 5.5% | G12V (GGC→GTC) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,245,030 | 0 | C | A | 5.5% | 403.0 / 4.9 | 125 | G12V (GGC→GTC) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/64); new base A (4/3); total (58/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTGG > NC_002947/4244884‑4245179 | cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCgg < 2:2058831/150‑1 (MQ=255) gCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTg < 1:1815106/150‑1 (MQ=255) tGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTggg > 2:532485/1‑150 (MQ=255) 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aTGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGc < 1:879045/150‑1 (MQ=255) aTGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGc < 2:2327482/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCtt < 1:2897811/150‑1 (MQ=255) gccgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTg < 1:428309/150‑1 (MQ=255) cgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGGGGTGGTGTGTCTTCCAGGCAGCAG‑CTGCGTCTTTGGC‑CATGCTTTGGGTGAGCTTGGc > 2:939375/1‑150 (MQ=255) 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tGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGt < 2:2716941/150‑1 (MQ=255) tCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTg > 1:2907154/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGa > 1:603849/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt < 2:287921/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAg < 1:409087/81‑1 (MQ=255) cAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAg > 2:409087/1‑81 (MQ=255) cAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAtt < 2:1465743/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:1905532/1‑150 (MQ=255) cGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATttcttc < 2:2929108/150‑1 (MQ=255) g‑cgcCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCAtc < 2:2781239/150‑1 (MQ=255) atcgcCGGCGACGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt > 1:2571724/3‑111 (MQ=255) 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ccGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTgg < 2:1905532/150‑1 (MQ=255) | CAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAG‑CGCCGTCGCCGGC‑GATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTGG > NC_002947/4244884‑4245179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |