| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,360,333 | G→C | 8.3% | A278G (GCC→GGC) | PP_3835 ← | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,360,333 | 0 | G | C | 8.3% | 403.2 / 24.4 | 133 | A278G (GCC→GGC) | PP_3835 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/58); new base C (6/5); total (69/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GCTCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAC > NC_002947/4360184‑4360481 | gCTCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCGTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTTATGCGGCCATGCCCGTCGATgg < 1:1144051/150‑1 (MQ=255) tCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCa < 1:872291/150‑1 (MQ=255) tCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCAt > 1:1974180/1‑150 (MQ=255) gAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGGTGGCATc > 2:287377/1‑150 (MQ=255) gAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATc > 1:2737356/1‑150 (MQ=255) gAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATc > 1:2139978/1‑150 (MQ=255) gAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATc > 2:1222876/1‑150 (MQ=255) gcgcGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGc < 2:1974180/150‑1 (MQ=255) gcgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCAt < 2:2681257/150‑1 (MQ=255) cgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCAtt < 1:92733/150‑1 (MQ=255) cgGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCAtt < 2:2051830/150‑1 (MQ=255) aTCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGaacaac > 1:841539/1‑150 (MQ=255) tctcTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGGTGGCATC‑ACGGGCATTGAacaaca < 1:287377/150‑1 (MQ=255) tctcTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCAACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAacaaca > 2:1431798/1‑150 (MQ=255) tctGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCa < 1:1295878/138‑1 (MQ=255) tctGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCa > 2:1295878/1‑138 (MQ=255) tctGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAgg > 2:131460/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGCTGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGtt > 1:2955043/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGtt > 2:365527/1‑150 (MQ=255) tgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGa < 2:802579/150‑1 (MQ=255) tgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGa < 1:365527/150‑1 (MQ=255) tgGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCAACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGa < 1:1431798/150‑1 (MQ=255) ggTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGc > 2:2503609/1‑150 (MQ=255) 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> 1:152810/1‑150 (MQ=255) cgcTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa < 1:2503609/150‑1 (MQ=255) tGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAac < 1:645095/137‑1 (MQ=255) ttCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAg < 1:2787299/129‑1 (MQ=255) ttCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAg > 2:2787299/1‑129 (MQ=255) ttCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGccc > 2:2847847/1‑150 (MQ=255) aCCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCa > 2:532646/1‑150 (MQ=255) tCGAAGCGCACGACGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATcc > 1:612331/1‑150 (MQ=255) gcgcACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCAACTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTc < 2:1832990/150‑1 (MQ=255) gcACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCa > 2:1983161/1‑129 (MQ=255) aCGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATc > 1:310020/1‑150 (MQ=255) 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ccATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCa > 1:2562218/1‑150 (MQ=255) ccATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTAAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCa > 1:1696456/1‑145 (MQ=255) aaTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCaa < 1:1478914/111‑1 (MQ=255) aaTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCaa > 2:1478914/2‑112 (MQ=255) aaTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGCCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCAc > 2:1261641/2‑150 (MQ=255) aTGCCCGT‑GATGCCATCGACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTgc < 1:592243/97‑1 (MQ=38) 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gGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAc < 2:839905‑M2/149‑1 (MQ=255) gGCATC‑ACGGACATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAc < 2:1658612‑M2/149‑1 (MQ=255) | GCTCGAAGATGCGCGGCAGTATCTCTGTGGGTATGCCTTCGCCGCTGTCTTCCACCTCGAAGCGCACGAAGCTGCCCTTCAGCCCTTCAACTTCGCCGAACAACTCGACCACATCGACAGTCAGGCTGATGCGGCCATGCCCGTCGATGGCATC‑ACGGGCATTGAACAACAGGTTGAGCAACACCATCTGCAGTTGCCCGGCATCCACCTCGATCAACGGCAGGTCCGGTTGCAGCAACACCTTCAAGTCAATCGAGCTTGGCAATGCATGTTCAAGCAGGCCACGCGTAGCGTTAAC > NC_002947/4360184‑4360481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |