| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,362,658 | C→G | 5.7% | intergenic (‑135/‑301) | PP_5634 ← / → adhP | hypothetical protein/alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,362,658 | 0 | C | G | 5.7% | 338.8 / 7.2 | 106 | intergenic (‑135/‑301) | PP_5634/adhP | hypothetical protein/alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/51); new base G (2/4); total (50/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TCTTCGTCGCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCTTGCCGCGGG > NC_002947/4362510‑4362802 | tcTTCGTCGCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCa > 1:123025/1‑150 (MQ=255)tcTTCGTCGCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCa > 1:2028905/1‑150 (MQ=255)tcTTCGTCGCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAAAGTCTTTTGCCCGCCTTCCa > 2:231746/1‑150 (MQ=255) cgtcgCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGTCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTTCCCGCCTTCCATGGc < 2:1093695/150‑1 (MQ=255) cgtcgCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGc < 1:231746/150‑1 (MQ=255) gcATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCtt > 1:800609/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCtttt > 1:1210929/1‑150 (MQ=255) gCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCtttttt < 1:1690735/150‑1 (MQ=255) tGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTAGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTAt < 1:1664153/150‑1 (MQ=255) cTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑Ac < 1:2803813/150‑1 (MQ=255) tCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑Acc > 2:2370929/1‑150 (MQ=255) tCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑Acc < 1:1488460/150‑1 (MQ=255) cTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCt > 1:331274/1‑150 (MQ=255) gggATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTgc < 1:1174089/150‑1 (MQ=255) ggATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTgcg > 1:1493028/1‑150 (MQ=255) aaTGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCCGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACt > 2:403294/1‑150 (MQ=255) aTGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATgg > 2:786873/1‑123 (MQ=255) aTGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATgg < 1:786873/123‑1 (MQ=255) aGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTg > 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tttGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCtt < 2:2458847/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCTTg < 2:2406267/150‑1 (MQ=255) CCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCTTGCcg < 2:851291‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGc < 1:156044‑M1/101‑1 (MQ=255) CCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGc > 2:156044‑M1/1‑101 (MQ=255) CCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCTTGCcgc < 2:2619014‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCTTGCCGCggg > 2:709388‑M1/1‑150 (MQ=255) | TCTTCGTCGCGCATGCTGGCTCCTGGGATAATGGCAGGCCTGTATAGGCTGATCAGGGTGCCGGGTCAATGCGTGGTCGCTTAATCCTGGGTTAACCGGACCGGCGCAACCTGCAGGCTCTCCCTTCAAACGTCTTTTGCCCGCCTTCCATGGCGGGCTTTTTTATG‑ACCCTGCGCACTTCGTTGCAGATGATGACAGCCTCATGACCTGACCTTCACGAAATGTCGACATCCGGATGGGCACACTGGCCCTGCTCCGTATGTTCTTGCAGCCCGCCGCATCCTTGCCGCGGG > NC_002947/4362510‑4362802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |