| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,375,488 | A→T | 5.4% | V31D (GTC→GAC) | PP_5637 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,375,488 | 0 | A | T | 5.4% | 409.4 / 9.9 | 142 | V31D (GTC→GAC) | PP_5637 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/64); new base T (3/5); total (73/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CACGACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGTATAAAG > NC_002947/4375341‑4375637 | cacGACTGCGCATATAGCCCGCCTCCGACCTCTTCGACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACt < 2:501985/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGa < 2:2497898/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCCTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGa > 1:1118053/1‑150 (MQ=255) tGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGAccc > 1:772568/1‑150 (MQ=255) cgcATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGAGTCGCGACCCag < 2:2535200/150‑1 (MQ=255) cATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCagag < 2:1118053/150‑1 (MQ=255) atatAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCaggcc < 2:772568/150‑4 (MQ=255) agccacccTTCGACCTCTTCTACACCGATGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTAGCATCGTGAAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGAGTCGGGATAAACACCCAAGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCg > 2:2931634/7‑150 (MQ=255) 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gCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCTATGTGATTTTTTCCAATGTGGCCCTCCGCGCGGAGCCGAGCTGGA‑‑‑GTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCaa < 1:1301417/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACCTCATCTGCGGAGGTGT‑AGGGCAAGGCCACGCCCTCACCGCGGCGCGCAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCaa > 1:2065472/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCaa > 1:2507804/1‑150 (MQ=255) tcTGGGTCGAGTCGCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTcgc > 2:2687412/2‑114 (MQ=255) tcTGGGTCGAGTCGCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTcgc < 1:2687412/113‑1 (MQ=255) tcTGGGTCGAGTCGCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAgaa < 1:1129709/128‑1 (MQ=255) cTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATa > 1:2292085/1‑150 (MQ=255) tGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATAc > 1:338034/1‑150 (MQ=255) tGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATAc > 2:2864537/1‑150 (MQ=255) gggTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACt < 1:422003/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTg < 2:2528429/150‑1 (MQ=255) tCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAg < 1:2918413/92‑1 (MQ=255) gcgACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGtata > 2:1627586/1‑150 (MQ=255) | CACGACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGA‑CTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGTATAAAG > NC_002947/4375341‑4375637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |