Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,375,490 | T→G | 5.3% | R30R (CGA→CGC) | PP_5637 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,375,490 | 0 | T | G | 5.3% | 408.6 / 12.4 | 143 | R30R (CGA→CGC) | PP_5637 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/66); new base G (4/4); total (73/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CACGACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGTATAAAGAT > NC_002947/4375341‑4375639 | cacGACTGCGCATATAGCCCGCCTCCGACCTCTTCGACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACt < 2:501985/150‑1 (MQ=255) acGACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTc < 1:642359/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGa < 2:2497898/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCCTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGa > 1:1118053/1‑150 (MQ=255) tGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGAccc > 1:772568/1‑150 (MQ=255) cgcATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGAGTCGCGACCCag < 2:2535200/150‑1 (MQ=255) gcATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCaga < 1:2125568/150‑1 (MQ=255) cATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCagag < 2:1118053/150‑1 (MQ=255) atatAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCaggcc < 2:772568/150‑4 (MQ=255) gCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGc > 2:2603311/1‑150 (MQ=255) cGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCtgt < 2:574913/150‑1 (MQ=255) ttCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATg < 1:2268215/150‑1 (MQ=255) ttCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCAACGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATg > 1:1995231/1‑150 (MQ=255) ccTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGACGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGc > 2:1539118/1‑150 (MQ=255) ctctTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGcc > 1:3069518/1‑150 (MQ=255) cttctCCCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCaa < 1:36408/150‑1 (MQ=255) cttctACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCaa > 2:422003/1‑150 (MQ=255) cttctACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCaa > 2:571582/1‑150 (MQ=255) 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tgCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAg‑‑gg < 2:1240351/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTAGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAg‑‑ggg < 1:1509602/150‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAAt > 2:3040809/1‑128 (MQ=255) cGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCt < 1:2749790/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCt > 1:179579/1‑150 (MQ=255) 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1:1301417/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCaa > 1:2507804/1‑150 (MQ=255) tcTGGGTCGAGTCGCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTcgc < 1:2687412/113‑1 (MQ=255) tcTGGGTCGAGTCGCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAgaa > 2:1129709/2‑129 (MQ=255) tcTGGGTCGAGTCGCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAgaa < 1:1129709/128‑1 (MQ=255) cTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATa > 1:2292085/1‑150 (MQ=255) gggTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACt < 1:978749/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTg < 2:2528429/150‑1 (MQ=255) gtcgaaaCTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGt > 2:765144/7‑150 (MQ=255) tCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAg > 2:2918413/1‑92 (MQ=255) tCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAg < 1:2918413/92‑1 (MQ=255) gcgACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGtata > 2:1627586/1‑150 (MQ=255) aCTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGTATAAAg < 2:1444057/150‑1 (MQ=255) tCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACTAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGTATAAAGAt < 1:322618/150‑1 (MQ=255) tCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAgaa < 1:764642/116‑1 (MQ=255) | CACGACTGCGCATATAGCACGCCTTCGACCTCTTCTACCCCGTTGATGTTGATGCCGAGCTGGGCCATGCCGTTGACCTTCGCATCGTGCAGCCGGGGGATAATGTCGGGCCCAGGCGTAGGGTTAAACACCCAGGCCTGGGTCGCGACTCGACCCAGAGGCTCGCTGTGATGGTCGCCAATGTGGACGTCCGCGCGGAG‑‑GGGCTGGACTTTCCGTAGGCGGTCTGAGGGCAAGGCCACGCCATGCTCGCGGCGTCGAACGAGAAGGAAGTACATGCGGCACCAATACTGTATAAAGAT > NC_002947/4375341‑4375639 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |