Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,673,596 | G→C | 7.1% | G108R (GGG→CGG) ‡ | PP_4137 → | outer membrane siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,673,596 | 0 | G | C | 7.1% | 442.7 / 19.8 | 142 | G108R (GGG→CGG) ‡ | PP_4137 | outer membrane siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/54); new base C (2/8); total (80/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTG > NC_002947/4673447‑4673742 | gCAACCTGGTGGACATGGAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGTTCGGGCCTCAACCGTGCGCCgg < 2:733105/150‑1 (MQ=255) cAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCggg > 2:1704795/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCgggg < 1:2569540/150‑1 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc > 2:2008305/1‑150 (MQ=255) ggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACgg < 1:1245099/150‑1 (MQ=255) aTGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGTCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATAGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGttga < 2:319392/150‑3 (MQ=255) aTGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGttga < 2:3058425/150‑3 (MQ=255) tGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGGTGGCCTCAAAGCTAGGGGGGTCGACTTAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCg < 1:1898175/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCTAGGGGTGTTCGCCAAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGgt < 2:1493648/150‑1 (MQ=255) gcgcGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGgtgt > 1:2822008/1‑150 (MQ=255) cgTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTa < 2:2380018/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCAt > 1:1984623/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGt < 1:833089/150‑1 (MQ=255) aGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGtt < 2:2822008/150‑1 (MQ=255) gCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCgg > 2:638659/1‑117 (MQ=255) cGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGAc > 2:2387570/1‑150 (MQ=255) gAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTc < 2:2502495/134‑1 (MQ=255) gAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTc > 1:2502495/1‑134 (MQ=255) gCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTg > 1:1039817/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGc > 2:655735/1‑150 (MQ=255) aGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCg > 1:1651899/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTg > 1:1771504/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGt > 1:976965/1‑114 (MQ=255) aaCCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACGGt < 2:976965/114‑1 (MQ=255) cAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTGCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGAcc > 2:1890940/1‑150 (MQ=255) cAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTACGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGAcc > 2:1890558/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCgg > 1:596450/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCggg < 1:2387570/150‑1 (MQ=255) tGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGggcg > 1:744605/1‑150 (MQ=255) gCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCACGATGTCGATAAGCGGATCGGGCCTCAACCGTGCGCCGTGGTCGCACGGGTCCGGTGGCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGggcggc > 2:2649678/1‑150 (MQ=255) 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ggCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTATAGAAAGAATTATTCTCCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAAt > 2:755500/1‑150 (MQ=255) tCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGaa < 2:2224192/129‑1 (MQ=255) tCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTTCGTGGCGCCAATGGc > 2:711213/1‑150 (MQ=255) cGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCt < 2:744605/150‑1 (MQ=255) ggCCTCATCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGGACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCACTGGCttt < 2:72771/150‑1 (MQ=255) accggaaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa < 2:1318648/109‑1 (MQ=255) accggaaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa > 1:1318648/6‑114 (MQ=255) ctaaaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTTTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGAc < 2:850784/147‑1 (MQ=255) cTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa > 2:2272442/1‑112 (MQ=255) cTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa < 1:2272442/112‑1 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGc > 2:1261412/1‑116 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGc < 1:1261412/116‑1 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCaa < 2:574795/150‑1 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCaa < 1:165830/150‑1 (MQ=255) ccGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGaa < 1:339631/94‑1 (MQ=255) ccGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGaa > 2:339631/1‑94 (MQ=255) ccGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAgg > 2:697359/1‑150 (MQ=255) ccGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGATGCGTGACGCCACTGGCTTCGaaacagg < 2:2348609/150‑7 (MQ=255) tGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACt < 1:21863/84‑1 (MQ=255) gcCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCt < 2:2962269/150‑1 (MQ=255) ccGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTg > 1:1155572/1‑150 (MQ=255) cGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa > 1:2116705/1‑99 (MQ=255) cGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa < 2:2116705/99‑1 (MQ=255) | GCAACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTTACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTG > NC_002947/4673447‑4673742 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |