| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,730,173 | G→A | 5.5% | T439T (ACC→ACT) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,173 | 0 | G | A | 5.5% | 435.0 / 9.3 | 144 | T439T (ACC→ACT) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/64); new base A (4/4); total (76/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCCGC > NC_002947/4730026‑4730321 | gCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGcc < 2:2930899/150‑1 (MQ=255) cccGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAAt < 2:844017/150‑1 (MQ=255) ccgccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAAtt > 2:866529/1‑150 (MQ=255) 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tttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga > 1:2609102/1‑150 (MQ=255) tttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga > 1:2812950/1‑150 (MQ=255) tttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga > 2:1319531/1‑150 (MQ=255) tCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGa < 2:1880762/136‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCTCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTACattgagattgg > 2:1271621/1‑149 (MQ=255) 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tccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGCTTGCGCCATGCTGAAACAGTTCGGCAGCCGATGGGCGAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCa < 2:2647644/149‑1 (MQ=255) cccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCa > 2:3014677/1‑150 (MQ=255) cccAGATACTTGGCATTGGTGCCAAATTCCCTTGCTATTGCGCGCTCCTGCACCATTTTGGCAGCCGATGGGCCAATCGCGTGACCACCCAGAGCCGGCTGGGTCTGGGCATCGGCGATGGCCTTGTAGAACCGACCGGTGTCGTTGGCa < 2:254624/150‑1 (MQ=255) ccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAg > 2:2377057/1‑150 (MQ=255) ccAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGAACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAg > 1:220703/1‑150 (MQ=255) cAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGCCGTTGGCAga > 1:2647644/1‑149 (MQ=255) aTCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCAt > 2:146333/1‑150 (MQ=255) tCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATc < 1:1756438/150‑1 (MQ=255) ttCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGaaa > 1:1322967/2‑124 (MQ=255) cTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGCACTTGACAAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGc > 1:2979169/1‑150 (MQ=255) tCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGt > 1:2832539/1‑73 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |