| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,778,505 | C→A | 6.1% | E269D (GAG→GAT) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 4,778,505 | 0 | C | A | 6.1% | 516.9 / 10.4 | 159 | E269D (GAG→GAT) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/67); new base A (6/4); total (88/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTTCCATCCAGTTGCGC > NC_002947/4778357‑4778652 | ggTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGAtct > 1:1483936/1‑150 (MQ=255) ggCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGATCTCGAt < 1:2305235/150‑1 (MQ=255) cGATCCGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCTGCTGTATCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACACCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGATCTACTGCAGCAACACGTCATCGATCTCGATGc < 2:864620/150‑1 (MQ=255) 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cagcaACACGGCATCGATCTCGATGCCCCCCCGCTGTCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGc < 2:1781423/150‑1 (MQ=255) cagcaACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTg > 2:37054/1‑73 (MQ=255) cagcaACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTg < 1:37054/73‑1 (MQ=255) cagcaACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGc > 2:1791231/1‑150 (MQ=255) agcaACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCt < 1:1791711/150‑1 (MQ=255) acacGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTtcca > 1:407071/1‑150 (MQ=255) cacGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTtccat > 2:2463032/1‑150 (MQ=255) tgggCATCGAGATCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTtccatc > 1:2761347/3‑150 (MQ=255) gggCATCGAGATCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGa > 1:2077557/2‑99 (MQ=255) cGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTtccatcc > 2:978638/1‑150 (MQ=255) ggCATCGAGATCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTtccatc < 2:1230958/148‑1 (MQ=255) aTCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTTCCATCCAGtt < 1:162447/150‑1 (MQ=255) cGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTTCCATCCAGTTgc < 1:2242289/150‑1 (MQ=255) | GGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTGGGCGCCACCGGCCGGGAGCGATTGGTCGGCAGGCTGAGCACCGGTTGCTCCCCGCCGAGGGTGTCCTTCCAGTAAGCCAGCTGCCGCGCCTGCTCACCCGCTTCCATCCAGTTGCGC > NC_002947/4778357‑4778652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |