| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,974,082 | T→A | 7.0% | K523* (AAG→TAG) ‡ | flgK ← | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,974,082 | 0 | T | A | 7.0% | 343.0 / 12.6 | 112 | K523* (AAG→TAG) ‡ | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/60); new base A (3/5); total (47/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGTGCGGTG > NC_002947/4973933‑4974230 | gCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACtt < 1:2454773/150‑1 (MQ=255) gTCGGTATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACttgtt < 2:2032740/150‑1 (MQ=255) gTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACttgtt < 2:2273416/150‑1 (MQ=255) 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1:1245316/1‑150 (MQ=255) ggACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTg‑g < 1:503680/49‑1 (MQ=255) ggACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGActg > 2:2368101/1‑141 (MQ=255) ggACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGActg < 1:2368101/141‑1 (MQ=255) gACAACAAGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTg < 2:283650/80‑1 (MQ=255) cAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGt > 2:881180/1‑148 (MQ=255) aaCTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGTGCg > 1:1674411/1‑150 (MQ=255) aCTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGTg > 1:2592226/1‑147 (MQ=255) aCTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGTg < 2:2592226/147‑1 (MQ=255) cTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGc > 2:1999316/1‑93 (MQ=255) cTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGc < 1:1999316/93‑1 (MQ=255) ttgttgTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATcgaatc > 2:1483255/1‑122 (MQ=255) ttgttgTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGTGCGgtg > 1:1216616/1‑150 (MQ=255) | GCCGTCGGCATTGAACGACAGGGTAAAGCTGTCATTGGCCGCAGGGCTGCCACCGATTGTGGTCTCGACGGCAAAGGTACGCGGGTTACCGCTACCATCCAGAATCGGGTCGCCGGCCGCATCCAGCATCGGCACGGCGATGGACAACTTGTTGTCCTGCCCAGGCACCACGCTGCCGGTACCAATCTG‑GGTACCCTTGGCGTCGAACAGCTTGTAGCCCTGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAACACCACGCGTACCGGCATCGAATCGCGAATCGACTGCTGGATCAGTGCGGTG > NC_002947/4973933‑4974230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |