| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,338,098 | 0 | C | G | 5.4% | 300.2 / 7.4 | 93 | intergenic (+57/‑227) | PP_4696/PP_mr53 | nitrogen regulation protein NR(I)/CrcZ ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/50); new base G (2/3); total (40/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCACGCAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGC > NC_002947/5337949‑5338247 | gCACGCAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAGCGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCgccgcc > 2:1773878/1‑150 (MQ=255)gCACGCAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCgccgcc > 1:2282827/1‑150 (MQ=255) aCGCAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCTACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGACGTCGGTGAGCCCGAGCGccgcccg > 2:59454/1‑150 (MQ=255) 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tATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTAc < 2:20082/114‑1 (MQ=255) tATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTAc > 1:20082/1‑114 (MQ=255) ggTGAGACCGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAAtt > 1:238076/1‑150 (MQ=255) gagaCCGCGCGCCGCCCCCC‑CGGCGCTCGGCCACACAGGCGCTGAACGTGTGAGGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCg < 2:2861588/150‑1 (MQ=255) agaCCGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGa < 2:238076/150‑1 (MQ=255) ccGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACAt > 2:2158977/1‑150 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGt > 1:2284843/1‑65 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGt < 2:2284843/65‑1 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAAcacct < 2:469230/72‑1 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAAcacct > 1:469230/1‑72 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACAtt > 1:2620982/1‑150 (MQ=255) ggcgcCGCCCGGG‑CGGCGCTCGGCCTCACAAGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCGCCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACAtttt < 2:1326512/149‑1 (MQ=255) gtgaggccgaG‑CGCCGCGCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGa < 2:235879/144‑1 (MQ=255) ccgcccgcG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAGCACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAAc < 2:2318526/150‑1 (MQ=255) gcccgcG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCa > 2:1810115/1‑54 (MQ=255) gcccgcG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCa < 1:1810115/54‑1 (MQ=255) gcccgcG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGCGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCt > 2:52716/1‑150 (MQ=255) ccgcG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGc < 1:2559922/150‑1 (MQ=255) | GCACGCAAGCTCGGCGTAAGCCGCAAGTGCCTGTGGGAACGCCGCCAGCGCCTGGGCATCCCACGGCGCAAGAGCAACGCTACCAGCGAATAACCCACCTACGCACCGCACGCCGCAGCCTATGCGGCGTCGGTGAGACCGAGCGCCGCCCGCG‑CGGCGCTCGGCCTCACAGGCGCTGAACGTGTCACGACGAACACCCCAGGTAACACCTCACCTCCCGTAAAAATCTGTTACCCAAGCTTTCCGCCGTAACAGTCCCCGAGGCGTACGGTAACGAAATTGCGACATTTTGAACCTGC > NC_002947/5337949‑5338247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |