| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,440,062 | G→A | 5.4% | A271V (GCC→GTC) | amn ← | AMP nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,440,062 | 0 | G | A | 5.4% | 439.7 / 7.9 | 147 | A271V (GCC→GTC) | amn | AMP nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/66); new base A (5/3); total (76/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGTCGCCGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCACGCAGTT > NC_002947/5439913‑5440209 | tCGCCGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTcggcg > 1:507822/1‑150 (MQ=255) cGCCGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTcggcgg > 1:515427/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGAGCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGGCAGGTGGTCGGTGATGTTATTGGCGTTGGATGGGTCCACACCAATGTTGACCAAGGTACCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑Agg < 1:2716006/150‑1 (MQ=255) tGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑Aggtgg > 1:1607951/1‑150 (MQ=255) tGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑Aggtgg > 1:1514315/1‑150 (MQ=255) gCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAGTGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑Aggtggt < 2:1231380/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGc < 1:829794/150‑1 (MQ=255) tGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGCTGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGcc > 1:1283828/1‑150 (MQ=255) tGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGcc < 2:430629/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCgg > 1:1090479/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGCCGACGGCGAtg > 2:1863854/1‑134 (MQ=255) aGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATc < 2:1137033/150‑1 (MQ=255) gccgccGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTg > 2:2920833/1‑150 (MQ=255) gccgccGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTg < 2:2857515/150‑1 (MQ=255) gcAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCg > 1:1835078/1‑150 (MQ=255) cAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCCGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGAACAAACCAATGCTCACAAAAGAGAGACCTTGTCGGTCGTGTGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCgg < 1:58179/150‑1 (MQ=255) aGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGt < 1:2673994/150‑1 (MQ=255) aGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTAGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGt < 2:8359/150‑1 (MQ=255) tGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGc < 2:1434915/150‑1 (MQ=255) aCCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCa > 2:18331/1‑150 (MQ=255) cGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGa < 1:2496495/150‑1 (MQ=255) cGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGCcgacgg < 1:783161/111‑1 (MQ=255) gATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGAc > 2:2880583/1‑150 (MQ=255) tcaGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTTGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTa > 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2:2652566/1‑150 (MQ=255) gcaCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGttt > 1:1251130/1‑150 (MQ=255) gcaCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGttt > 2:955267/1‑150 (MQ=255) aCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAgg < 2:1078600/138‑1 (MQ=255) aCGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCg > 1:1319916/1‑150 (MQ=255) gCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCa < 1:1095836/150‑1 (MQ=255) aGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATgg < 2:743200/150‑1 (MQ=255) gtCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGTTGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑Aggtg < 2:544634/81‑1 (MQ=255) ggTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCgg > 2:1758393/1‑100 (MQ=255) ggTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCACACACCAATGTTGGCCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGcc > 2:38716/1‑150 (MQ=255) gTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTg > 2:2953234/1‑114 (MQ=255) gATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGc > 1:2344293/1‑81 (MQ=255) gTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTc > 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(MQ=255) aGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAgc > 1:33784/1‑150 (MQ=255) gTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAgcgc < 2:23116/150‑1 (MQ=255) ctaccGCCATCACCGTGGGCGGCGCTC‑AGGTCGTAGTCCGCCATATGGTACCGGTCCGAGACGCCACTGGCCTCCAGTGCCTGGGTTTCGCCTTGGTCCATTCCCGTTTCGAGCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGACgcgc < 2:1283828/146‑1 (MQ=255) tAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGcgcg < 1:1509151/150‑1 (MQ=255) cacctgaTCGCCGCCGACGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg > 2:1555334/7‑150 (MQ=255) aaCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg > 2:2865486/1‑150 (MQ=255) aaCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg < 1:2618194/150‑1 (MQ=255) aaCGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg < 1:38716/150‑1 (MQ=255) ctgaTCGCCGCCGACGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAg < 1:1662026/69‑1 (MQ=38) ctgaTCGCCGCCGACGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg > 2:1610090/4‑147 (MQ=255) ctgaTCGCCGCCGACGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCgg < 1:1610090/144‑1 (MQ=255) ccATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGgtcg > 2:47965/1‑150 (MQ=255) cATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGgtcgt > 1:831252/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGgtcgtc < 1:1856705/150‑1 (MQ=255) aTCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGgtcgtc < 1:2861760/150‑1 (MQ=255) ccGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCACGc < 1:2691227/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCACGCAg < 1:454641/150‑1 (MQ=255) cggcggCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTCAGAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCACGCAGtt < 1:1570527/150‑1 (MQ=255) | AGTCGCCGATGGTCTGCGACTGCCGCAGGCCGCCGCAGTGACCGATCATCAGCCAGCAATGCGGGCGCAGCACGGCCAGGTGGTCGGTGATGTTCTTGGCGTTGGATGGGCCCACACCAATGTTGACCAAGGTAACGCCATCGCCGTCGGCGGCGATC‑AGGTGGTAGGCCGGCATCTGGTAGCGGTGCCAGACCACGCTGGCCACCAGGGCCTGGGTTTCGCCATGGTCCATGCCCTTTTCGATCACGACGTTGCCCGGCAGCACCATACGTACGAAGCGCGGGTCGTCACGCAGTT > NC_002947/5439913‑5440209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |