| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 432,998 | A→T | 6.9% | intergenic (+20/+27) | PP_0355 → / ← glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 432,998 | 0 | A | T | 6.9% | 263.0 / 7.5 | 85 | intergenic (+20/+27) | PP_0355/glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/37); new base T (3/3); total (45/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
GTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTTGT > NC_002947/432852‑433146 | gtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg < 1:2044698/150‑1 (MQ=255)gtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg < 1:1930853/150‑1 (MQ=255) cgcccGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGt < 2:2219462/146‑1 (MQ=255) gggCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTc < 1:1707864/150‑1 (MQ=255) ggCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg > 1:396564/1‑146 (MQ=255) ggCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACg < 2:396564/146‑1 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 1:1505336/150‑1 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGGACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTgg > 1:674704/1‑150 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTgg < 1:404063/150‑1 (MQ=255) ccGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGgc < 1:2727312/150‑1 (MQ=255) cGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGgca < 2:1464126/150‑1 (MQ=255) ggAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAt > 2:2440455/1‑150 (MQ=255) ggAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAAGAAGACTGTAATACGGTGCCCCTGACTGCAGAt > 2:2960637/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg > 2:1909852/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg < 1:2137457/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGa < 1:1397070/147‑1 (MQ=255) aaGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGa > 2:1397070/1‑147 (MQ=255) agagGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGGGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgct > 2:2084895/1‑150 (MQ=255) 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gggTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGATAGGTGTGCGGGATACTGAACAAAAAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGCTCCCCACGCCAGAAGATACTGCGTTTAGTTCTTTTCGCGCCTTGaa < 2:674704/150‑1 (MQ=255) gtggACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTcgc > 1:1243580/1‑150 (MQ=255) cTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTg > 2:1056711/1‑102 (MQ=39) cTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTg < 1:1056711/102‑1 (MQ=39) tCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgctgc > 2:1901315/1‑108 (MQ=255) tCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgctgc < 1:1901315/108‑1 (MQ=255) tCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGAcgg < 2:1655961/145‑1 (MQ=255) tCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGAcgg > 1:1655961/1‑145 (MQ=255) cAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGc > 1:613450/1‑150 (MQ=255) aaGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGCa > 2:1497384/1‑150 (MQ=255) gTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGCAGTACCg > 1:1461725/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGtat < 1:2440455/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 1:1221994/110‑1 (MQ=255) cAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt > 2:1221994/1‑110 (MQ=255) cAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATaa < 1:242231/150‑1 (MQ=255) tGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGC‑GGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGtt < 2:1262351/150‑1 (MQ=255) ggAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAAc < 2:2408436/105‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |