Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,743,460 | C→T | 8.7% | intergenic (‑237/+10) | fbp ← / ← glgP | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase/glycogen phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,743,460 | 0 | C | T | 8.7% | 312.1 / 16.2 | 115 | intergenic (‑237/+10) | fbp/glgP | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase/glycogen phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/46); new base T (5/5); total (64/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTCGACCCGC > NC_002947/5743311‑5743605 | gCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGTCCGCGAAc > 1:398230/1‑150 (MQ=255) aCGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGcctcac > 1:1757508/1‑150 (MQ=255) acaATGGGTGGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCaa > 2:2294155/1‑150 (MQ=255) caATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTACAGGTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAAt < 1:30175/150‑1 (MQ=255) cAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAATCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGAt < 2:2142093/150‑1 (MQ=255) ccgagatctggaaggcattggattgaggtgtgtccattcgcgggcgcactCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGcctcacct < 1:2545282‑M1/79‑1 (MQ=255) ccgagatctggaaggcattggattgaggtgtgtccattcgcgggcgcactCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGcctcacct > 2:2545282‑M1/51‑129 (MQ=255) aGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAAt < 1:2526666/138‑1 (MQ=255) aGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAAt > 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gTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTg > 1:2479059/1‑150 (MQ=255) gTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTAACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTg > 1:2688795/1‑150 (MQ=255) gTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑AGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTg > 2:1901665/1‑150 (MQ=255) cagtctgtCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGCCTAACCTCAAGCCAATGCCTTCCAGGTCTCGTTGGCATTGTCGCGAATGGTGc > 1:2410746/6‑150 (MQ=37) tgtgtgTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCg < 1:2294155/150‑1 (MQ=255) aggtgaggccgttcgcgggcacgcccgctcccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGTGCGCCCGCGAATGGACACACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCgg > 2:2545282‑M2/80‑129 (MQ=255) aggtgaggccgttcgcgggcacgcccgctcccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGTGCGCCCGCGAATGGACACACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCgg < 1:2545282‑M2/50‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTg < 1:1524530/121‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTg > 2:1524530/1‑121 (MQ=255) gcgcgcTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCacc > 2:775946/1‑148 (MQ=255) gcgcgcTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGc > 2:1827988/1‑150 (MQ=255) 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tcgctcCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATGCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATcc > 1:1697161/1‑150 (MQ=255) cCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCaa < 1:1883249‑M1/87‑1 (MQ=255) cCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCaa > 2:1883249‑M1/2‑88 (MQ=255) cccgctcccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAAt > 1:2854660‑M2/57‑85 (MQ=255) cccgctcccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAAt < 2:2854660‑M2/29‑1 (MQ=255) tcccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGCGCGCCCGCGAATGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGc > 1:1663821‑M2/52‑105 (MQ=255) tcccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGCGCGCCCGCGAATGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGc < 2:1663821‑M2/54‑1 (MQ=255) 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ccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTg > 1:1651507‑M2/50‑119 (MQ=255) ccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGTAAGGAAAGCGGGCCGACGAGAACCAGCCC‑ATccgtgccg > 2:2547727‑M2/50‑150 (MQ=255) ccacaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGCGCGCCCGCGAATGGACACACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATccgtgccg > 2:1101647‑M2/50‑150 (MQ=255) acaggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgAGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATccgtgccgtg > 1:1168619‑M2/48‑150 (MQ=255) AGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGtt > 2:886634‑M1/1‑150 (MQ=255) caggtgtctcgcaagcttcaaggcttgcgctgtacctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGaa > 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(MQ=255) gAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGcca > 1:537205/1‑150 (MQ=255) aaGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGccac < 1:1527275/150‑1 (MQ=255) gCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCcgac < 1:2279430/103‑1 (MQ=255) gCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCcgac > 2:2279430/1‑103 (MQ=255) ttGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACt > 2:1232237/1‑150 (MQ=255) gagaCA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGt > 1:1897985/1‑69 (MQ=255) gagaCA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGt < 2:1897985/69‑1 (MQ=255) gagaCA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTg < 2:32529/150‑1 (MQ=255) gagaCA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATACGCGAATGGTGCGGTCAGACGCGAATTAGCCG‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTg > 1:690529/1‑150 (MQ=255) gaCA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGGCGGA‑GTGGGACAGCCCAAACCGCTCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCCCCACTCCTGCg < 2:2410746/150‑1 (MQ=255) tgtacctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATccgtgccgt < 1:2623062‑M2/102‑1 (MQ=255) ca‑cCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGgt < 2:2502632/150‑1 (MQ=255) acctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGgtg > 2:1903028‑M2/14‑150 (MQ=255) ctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGgtgtg < 1:775946‑M2/139‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGgtgtg > 2:2977647‑M2/12‑150 (MQ=255) tgtgggagcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGgtgtgt > 1:1104033‑M2/11‑150 (MQ=255) agcgGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCcaca < 2:537205‑M2/146‑1 (MQ=255) gGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTcgc < 1:563925‑M2/62‑1 (MQ=255) gGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTcgc > 2:563925‑M2/2‑63 (MQ=255) ggCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATc < 2:1104033/150‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTc < 1:46943/150‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTc < 2:1697161/150‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCACACC‑ACCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTc > 1:1898551/1‑150 (MQ=255) cccGCGAACGGCCCCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTCGAc > 2:1847683/1‑150 (MQ=255) cgcgAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCTCCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTCGAccc < 1:245467/150‑1 (MQ=255) cgAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTCGACccgc < 2:1031908/150‑1 (MQ=255) | GCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGGTGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAAGCTTGCGAGACA‑CCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCC‑ATCCGTGCCGTGTTCAATACCGCCTTGCGCCACCACTCCTGCGGTGTGTGCCACAGATCCTCGACCCGC > NC_002947/5743311‑5743605 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |