New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1899243 = | 41 (1.320) | 9 (0.300) | 7/278 | 2.7 | 20.3% | intergenic (+271/‑249) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
? | NC_002947 | 1899337 = | 31 (1.030) | intergenic (+365/‑155) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
CTCTTCTTCCCGCAGCGTCAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAAC > NC_002947/1899095‑1899386 | gctcctgtggaaaacgcaaaaaggcgccggctgccccggcatgctgatgcaagcggggcaacacggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccg < 1:134547‑M1/1‑1 (MQ=255) tcttctTCCCGCAGCGTCAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGACTGGGAGCCTGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGc < 1:195400/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCGTCAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCCCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTcgc > 2:285033/1‑150 (MQ=255) tCAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGc > 1:453671/1‑150 (MQ=255) cAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCCTCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGATATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGcc < 2:573142/150‑1 (MQ=255) aGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGccc < 1:204977/150‑1 (MQ=255) cACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc > 2:109940/1‑150 (MQ=255) cTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:342550/150‑1 (MQ=255) tCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 2:134547/1‑150 (MQ=255) tCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 1:217042/1‑150 (MQ=255) aCCCGTCCTCGATCACCGGCATCTACTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAg > 2:481966/1‑150 (MQ=255) ccggcatgctgatgcaagcggggcaacacggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 2:47189‑M1/36‑1 (MQ=255) ccGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCt > 1:164301/1‑150 (MQ=255) cGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTc > 1:72496/1‑150 (MQ=255) aTCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGc < 1:413474/150‑1 (MQ=255) aTCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGc < 1:413760/150‑1 (MQ=255) cTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGc < 1:508605/150‑1 (MQ=255) cTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGACCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGc < 1:187012/150‑1 (MQ=255) tGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCt > 1:233379/1‑139 (MQ=255) tGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCt < 2:233379/139‑1 (MQ=255) aCATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGatat < 2:27526/150‑1 (MQ=255) aCATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGatat < 1:109940/150‑1 (MQ=255) acggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccGGCCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATcc < 1:702092‑M1/63‑1 (MQ=255) gcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg > 2:470843‑M1/83‑150 (MQ=255) tGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCgg < 2:335400/150‑1 (MQ=255) tcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccGGCCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCgg > 2:702092‑M1/76‑150 (MQ=255) cTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATcc < 1:553705/136‑1 (MQ=255) cTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATcc > 2:553705/1‑136 (MQ=255) aTGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATg < 1:229348/150‑1 (MQ=255) agggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg < 1:413901‑M1/68‑1 (MQ=255) agggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg > 2:413901‑M1/63‑130 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGTgg > 2:133604/1‑131 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGTgg < 1:133604/131‑1 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAt < 1:239289/135‑1 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCAt > 2:239289/1‑135 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGcc > 2:110475/1‑150 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGAATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTGGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGcc < 2:217042/150‑1 (MQ=255) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg > 2:99478/1‑150 (MQ=255) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:588668/150‑1 (MQ=255) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGACGGCGCGCGCTCCCCCACAGGTACTTCTCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:87250/150‑1 (MQ=38) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCCCATGGTGAGTGCGATGGAGACAGCCT‑TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 2:370311/150‑1 (MQ=25) cgttgacagcccgggatgaggtcgatcagcaatttattggctagctataccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCAAGGCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGtat > 1:47189‑M1/52‑150 (MQ=255) aaGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAg < 2:164301/150‑1 (MQ=255) cTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCCTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTTGcc > 1:149730/1‑150 (MQ=255) gTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCCTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGa > 1:501308/1‑150 (MQ=255) tcagcaatttatgggccagctataccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg < 2:116961‑M1/68‑1 (MQ=255) tcagcaatttatgggccagctataccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg > 1:116961‑M1/27‑94 (MQ=255) cACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTCCTGATCTaa > 2:179165/1‑149 (MQ=255) gTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGc > 2:227773/1‑133 (MQ=255) gTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGc < 1:227773/133‑1 (MQ=255) t‑gtgCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAAc < 2:192363/150‑1 (MQ=255) | CTCTTCTTCCCGCAGCGTCAGCACCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCT‑GTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAAC > NC_002947/1899095‑1899386 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |