| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,634,566 | Δ1 bp | 6.2% | coding (985/1872 nt) | PP_2304 → | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,634,566 | 0 | G | . | 6.2% | 208.2 / 6.9 | 65 | coding (985/1872 nt) | PP_2304 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/33); new base . (2/2); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
ACGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAA > NC_002947/2634420‑2634709 | aCGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGAcc < 2:138120/150‑1 (MQ=255) cAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGcc > 2:876659/1‑150 (MQ=255) aGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCt > 1:540825/1‑150 (MQ=255) aGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCt > 2:33613/1‑150 (MQ=255) aaGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGaa < 2:1344870/150‑1 (MQ=255) aGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAag < 2:896344/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTc > 2:10967/1‑145 (MQ=255) ggCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTc < 1:10967/145‑1 (MQ=255) 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ccGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGgc > 2:1225866/1‑150 (MQ=255) cGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTa > 2:646385/1‑150 (MQ=255) gagaTCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAg < 1:1592795/150‑1 (MQ=255) gagaTCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGACTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCGGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAg < 1:1567283/150‑1 (MQ=255) tCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGc > 1:17924/1‑150 (MQ=255) 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1:1095838/127‑1 (MQ=255) ccGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCg > 2:1155872/1‑150 (MQ=255) tGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTg < 2:540825/150‑1 (MQ=255) ggCCAAGGAGTTATCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTgg < 1:1155872/150‑1 (MQ=255) gAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCAt > 2:31157/1‑150 (MQ=255) gTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAagag < 2:1401531/85‑1 (MQ=255) gTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAagag > 1:1401531/1‑85 (MQ=255) gTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCt < 1:1225866/150‑1 (MQ=255) tctctcAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGa < 2:17924/150‑1 (MQ=255) tctctcAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGa < 1:33613/150‑1 (MQ=255) tcAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATc < 2:1535585/148‑1 (MQ=255) tcAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATc > 1:1535585/1‑148 (MQ=255) tcAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCaa > 1:243819/1‑150 (MQ=255) tcAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCaa > 2:563970/1‑150 (MQ=255) ggACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGAt > 2:583660/1‑144 (MQ=255) ggACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGAt < 1:583660/144‑1 (MQ=255) ggACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAgct > 2:1596641/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGctgctg > 2:1128878/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTgg < 2:243819/150‑1 (MQ=255) cAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTgg < 1:1375719/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTa > 2:1069212/1‑99 (MQ=255) ggCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTa < 1:1069212/99‑1 (MQ=255) tCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTc < 1:646385/150‑1 (MQ=255) ccGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTcc > 1:1468379/1‑150 (MQ=255) gCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAg > 2:5110/1‑150 (MQ=255) ggtggtGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGaa < 1:1493654/150‑1 (MQ=255) ggtggtGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGaa < 1:50641/150‑1 (MQ=255) tggtgACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGttt < 2:59984/106‑1 (MQ=255) tggtgACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGttt > 1:59984/1‑106 (MQ=255) gtgACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTAc < 1:5110/150‑1 (MQ=255) cTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGc > 2:647633/1‑150 (MQ=255) tCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGa > 2:1134492/1‑111 (MQ=255) tCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCGGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGa < 1:1134492/111‑1 (MQ=255) ggCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTc < 1:1128878/150‑1 (MQ=255) tttGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGATGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGcc > 2:20256/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGc < 1:483259/150‑1 (MQ=255) cGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCt > 1:1148960/1‑150 (MQ=255) aaggccGGGTCGTATAC‑ACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTgg > 1:1601724/5‑113 (MQ=255) aaggccGGGTCGTATAC‑ACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTgg < 2:1601724/109‑1 (MQ=255) aggccGGGTCGTATAC‑ACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAgg < 1:1267263/118‑1 (MQ=255) aggccGGGTCGTATAC‑ACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAgg > 2:1267263/4‑121 (MQ=255) gtATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACaaa < 2:1148960/150‑1 (MQ=255) | ACGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAA > NC_002947/2634420‑2634709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |