Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,519,310 | Δ1 bp | 7.8% | coding (114/228 nt) | PP_5580 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,519,310 | 0 | A | . | 7.8% | 156.7 / 7.0 | 51 | coding (114/228 nt) | PP_5580 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/23); new base . (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
GGTTCTGGGGCGGTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGTTCATTGATAGCTT > NC_002947/3519166‑3519457 | ggTTCTGGGGCGGTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAgatga < 2:425327/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGGGCGGTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAgatgat < 1:402220/150‑1 (MQ=255) cGGTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAAt < 2:1064985/150‑1 (MQ=255) gTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAAttt > 1:1360187/1‑150 (MQ=255) gTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAAttt < 1:352693/150‑1 (MQ=255) aGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAg < 2:1360187/150‑1 (MQ=255) gTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCT‑‑GATGATGAAGATAATTTGAGTGTtgatg > 2:1036892/1‑150 (MQ=255) gTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCT‑‑GATGATGAAGATAATTTGAGTGTtgatg > 2:1036873/1‑150 (MQ=255) tAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTtgat > 1:509511/1‑150 (MQ=255) tATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTAt > 2:518441/1‑150 (MQ=255) tGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTg > 1:1401369/1‑150 (MQ=255) atTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGc < 2:842254/150‑1 (MQ=255) atTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCT‑‑GATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCaa < 1:1036892/150‑1 (MQ=255) atTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCT‑‑GATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCaa < 1:1036873/150‑1 (MQ=255) cgTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCgg < 2:282891/150‑1 (MQ=255) cgTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCgg > 1:1617512/1‑150 (MQ=255) aaGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGt > 1:272561/1‑150 (MQ=255) gTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGa < 2:272561/150‑1 (MQ=255) aTGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAg < 1:613087/88‑1 (MQ=255) aTGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAg > 2:613087/1‑88 (MQ=255) ttttAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGatgatg < 2:105937/72‑1 (MQ=255) ttttAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGatgatg > 1:105937/1‑72 (MQ=255) gTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTCTGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGt > 1:460529/1‑150 (MQ=255) cTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTg < 1:518441/150‑1 (MQ=255) aTTGGCGAGGGTGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTgga < 1:271043/150‑1 (MQ=255) gCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGt < 2:1617512/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTc > 1:970049/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCt > 2:443813/1‑150 (MQ=255) ccTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGa > 2:2493/1‑150 (MQ=255) cTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTggg < 1:367667/68‑1 (MQ=255) cTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTggg > 2:367667/1‑68 (MQ=255) tGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTa > 2:1261380/1‑62 (MQ=255) tGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTa < 1:1261380/62‑1 (MQ=255) tAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGatgatg < 1:848872/57‑1 (MQ=255) tAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGatgatg < 1:848107/57‑1 (MQ=255) tAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGatgatg > 2:848107/1‑57 (MQ=255) tAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGatgatg > 2:848872/1‑57 (MQ=255) tATCTGATAATGACTAGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAgcc < 2:443918/150‑1 (MQ=255) gATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGt > 2:1632171/1‑150 (MQ=255) gATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGt > 1:638242/1‑150 (MQ=255) aTAATGACTCGCTTAGATGATGAAGCCGGTATTAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCCTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGtt > 1:862606/1‑150 (MQ=255) aTAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAggg > 2:501242/1‑131 (MQ=255) aTAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAggg < 1:501242/131‑1 (MQ=255) aTGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATggcggg < 2:539872/86‑1 (MQ=255) aTGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATggcggg > 1:539872/1‑86 (MQ=255) aCTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGTTCATTGa > 2:958712/1‑150 (MQ=255) gtCGGTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGGTGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACGTATGAAATGGCGGGCGCTAGAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGTTCATTGAt < 2:460529/149‑1 (MQ=255) cTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCtt < 2:243184/120‑1 (MQ=255) cTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCtt > 1:243184/1‑120 (MQ=255) tCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGTTCATTGATa > 2:570041/1‑150 (MQ=255) ttAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGTTCATTGATAGCtt < 1:1402304/150‑1 (MQ=255) | GGTTCTGGGGCGGTTAGGGATGTAGGGTTCTATGAATAATTTCGTCGCGTCAAGCATCGAGTGCTATGAAGAAAACGATGTTTTAGTGGTTGCTATTGGCGAGGGCGGTGTTGATCCTGTAAATTATCTGATAATGACTCGCTTAGATGATGAAGATAATTTGAGTGTTGATGATGGTATTGGGTTGCAAGTTTCGGGCGTAACCTATGAAATGGCGGGCGCTATAAAAAAAATTAGTCTTGGAGGAAAGCGGTCTTAGGGTTGAGGTCAAGCCGCCGTTCATTGATAGCTT > NC_002947/3519166‑3519457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |