| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 344,044 | Δ1 bp | 19.0% | intergenic (+130/+59) | PP_5440 → / ← PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 344,044 | 0 | A | . | 19.0% | 159.0 / 34.0 | 58 | intergenic (+130/+59) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/21); new base . (6/5); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATT > NC_002947/343905‑344191 | ggACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGt > 2:743809/1‑150 (MQ=255) aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 1:1096387/1‑150 (MQ=255) aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 1:588229/150‑1 (MQ=255) aGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgttg > 1:1229576/1‑150 (MQ=255) tttGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCg > 2:31899/1‑150 (MQ=255) cccGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCg > 2:1270642/1‑150 (MQ=255) ccGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCgg < 1:1557090/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCATCgg < 2:1229576/150‑1 (MQ=255) cGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGCCGCTTCggg < 2:1096387/150‑1 (MQ=255) cGCAGCCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGACTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGAAGCCGCCTGAAGTTAAAAATCCCAGACAACCAAAAACCCGCAATAG‑GACGGTTTCTTGTTGTCGCTTCggg > 2:3718/1‑150 (MQ=255) cTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGc < 2:264806/150‑1 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc < 1:1290342/137‑1 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc < 1:1290170/137‑1 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc > 2:1290342/1‑137 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc > 2:1290170/1‑137 (MQ=255) gTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGc < 1:1270642/150‑1 (MQ=255) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACGGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTctgtg < 1:1419174/119‑5 (MQ=25) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACGGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTctgtg > 2:1419174/1‑115 (MQ=25) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTGCTTGTTGTCGCGTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGaa < 1:31899/150‑1 (MQ=255) cGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAg < 1:743809/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 2:613942/87‑1 (MQ=255) ggTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 1:613942/1‑87 (MQ=255) gTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCg > 1:853324/1‑150 (MQ=255) cGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAAcc < 2:1195756/150‑1 (MQ=255) gTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAAccg > 1:149083/1‑150 (MQ=255) 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tcGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGC‑CTAGTGCGGGttt < 2:529640/67‑1 (MQ=37) tcGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGC‑CTAGTGCGGGttt > 1:529640/1‑67 (MQ=37) gtTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGAttt > 2:1106803/1‑150 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGtttt > 1:1514520/1‑59 (MQ=18) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGtttt < 2:1514520/60‑2 (MQ=18) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGa < 2:474258/122‑1 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGa > 1:474258/1‑122 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTGCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCaa > 1:1190598/1‑150 (MQ=255) ttAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCGCAGACATCAACCAGGAGCTCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGAc > 1:1600067/1‑150 (MQ=255) ttAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGAc > 1:612168/1‑150 (MQ=255) tAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTg < 1:946115/139‑1 (MQ=255) tAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGGTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTg > 2:946115/1‑139 (MQ=255) aaaaaTCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTg > 1:853615/1‑150 (MQ=255) ccgaagcgACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGc > 2:867622/8‑150 (MQ=37) tCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTa > 2:1516812/1‑150 (MQ=255) acaGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATc > 1:510556/1‑150 (MQ=255) aGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTg < 2:853615/150‑1 (MQ=255) gACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATc < 2:272735/123‑1 (MQ=37) gACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATc > 1:272735/1‑123 (MQ=38) gACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTgg > 1:872823/1‑150 (MQ=39) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcg > 1:618221/1‑150 (MQ=255) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcg > 1:242089/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgacga < 2:1643679/150‑1 (MQ=255) aaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAg > 1:1489208/1‑150 (MQ=255) aaaCCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAgg < 2:872823/150‑1 (MQ=255) cccGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGa < 2:612168/150‑1 (MQ=255) gCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAAtt < 2:242089/150‑1 (MQ=255) | GGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATT > NC_002947/343905‑344191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |