Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,417,338:1 | +A | 10.2% | coding (580/759 nt) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,417,338 | 1 | . | A | 10.2% | 173.6 / 15.9 | 49 | coding (580/759 nt) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (21/23); new base A (3/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 |
GCTGTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAATCAGGA > NC_002947/1417190‑1417486 | gcTGTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTgcgc‑g > 2:188770/1‑150 (MQ=255) tGGAGCTTTACCAGGGCCTGGATGCAATGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGC‑GCGCAGCCTGGTg < 2:780750/149‑1 (MQ=255) tGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCAATGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGAACTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGC‑GCGCAGCCTGGTg > 1:780750/1‑149 (MQ=255) aCCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTgg < 1:46149/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTggg > 1:510071/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTggg > 2:1450117/1‑150 (MQ=255) cAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTg < 1:1136347/147‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTg > 2:1136347/1‑147 (MQ=255) aGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCt < 1:505741/150‑1 (MQ=255) ggATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGaacaa > 1:346712/1‑150 (MQ=255) ggATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGaacaa > 1:345558/1‑150 (MQ=255) ggATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGaacaa > 1:278487/1‑150 (MQ=255) gATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGaacaac < 2:1186607/150‑1 (MQ=255) gATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGaacaac < 2:1638591/150‑1 (MQ=255) tGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCt < 1:874072/150‑1 (MQ=255) tCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTgc > 2:1015784/1‑149 (MQ=255) tCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTgc > 2:1015711/1‑149 (MQ=255) gAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGGGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTg > 2:330837/1‑150 (MQ=255) tAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGc < 1:3072/150‑1 (MQ=255) gTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTca < 1:1544251/150‑1 (MQ=255) gcccTGCTGGTACGATTTCACTGCCGGGCTTTTCTGTAGTAGCGGGTTGGTGAAATGCCAGCGCATATGACCATCCGCCTGGCTGTGC‑GCCTGGTGAACGAGCTTGGCTGGAACATCCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCagcagc < 2:278487/148‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCaa < 1:17822/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCaa < 1:494395/150‑1 (MQ=255) gTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGc < 2:1608497/150‑1 (MQ=255) ggTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCca < 2:345558/150‑1 (MQ=255) ggTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCca < 2:346712/150‑1 (MQ=255) gTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTTCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCcac > 1:1432153/1‑150 (MQ=255) tCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCt > 2:120568/1‑92 (MQ=255) tCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCt < 1:120568/92‑1 (MQ=255) tACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTg < 1:962923/150‑1 (MQ=255) ccGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGcc > 2:1452094/1‑150 (MQ=255) cTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCAc > 1:50459/1‑66 (MQ=255) cTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCAc < 2:50459/66‑1 (MQ=255) gcagcGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGt > 2:705025/1‑150 (MQ=255) ggtgggtgGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCaa > 1:222704/1‑108 (MQ=255) ggtgggtgGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCaa < 2:222704/108‑1 (MQ=255) gggCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCg < 2:510071/150‑1 (MQ=255) cATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGAc < 1:330837/150‑1 (MQ=255) aTTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACt > 1:323743/1‑150 (MQ=255) gAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCt > 1:150981/1‑150 (MQ=255) accaccAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAgg < 1:371157/150‑1 (MQ=255) ccaccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGGACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGt > 1:1329824/1‑150 (MQ=255) caccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGAc < 2:117534/138‑1 (MQ=255) caccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGAc > 1:117534/1‑138 (MQ=255) accaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGt < 1:227746/148‑1 (MQ=255) accaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACATGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGt > 2:227746/1‑148 (MQ=255) accaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACtt > 2:947251/1‑94 (MQ=255) accaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACtt < 1:947251/94‑1 (MQ=255) accaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTgg > 1:928638/1‑150 (MQ=255) caGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCg > 2:1344277/1‑150 (MQ=255) cgc‑gcCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAATCAgg < 1:1450117/150‑1 (MQ=255) gc‑gcCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGc > 2:598222/1‑91 (MQ=255) gc‑gcCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGc < 1:598222/91‑1 (MQ=255) gc‑gcCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAATCAGGa > 1:512801/1‑150 (MQ=255) | GCTGTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGGCGAATCAGGA > NC_002947/1417190‑1417486 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |