| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1780109 = | 68 (1.140) | 15 (0.300) | 12/202 | NT | 25.8% | intergenic (+26/+80) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| ? | NC_002947 | 1780171 = | 29 (0.580) | intergenic (+88/+18) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
TGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGT > NC_002947/1779962‑1780258 | tGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGgcgcgc > 2:1062860/1‑150 (MQ=255) gAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGc‑c > 2:607385/1‑150 (MQ=255) tacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCg < 1:363828‑M1/6‑1 (MQ=255) cgcAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTc < 1:735643/150‑1 (MQ=255) gcAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTcc > 2:719124/1‑150 (MQ=255) tcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCca > 2:1158790‑M1/139‑150 (MQ=255) tcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCca > 2:782033‑M1/139‑150 (MQ=255) gcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCcaca < 1:612394‑M1/14‑1 (MQ=255) gcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCcaca > 1:151120‑M1/137‑150 (MQ=255) gcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCcaca < 1:1466968‑M1/14‑1 (MQ=255) ttGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGTGGTCGC‑CCGCTCCCACAGGt > 1:903678/1‑150 (MQ=255) gAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACATGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTAct > 2:1177158/1‑150 (MQ=255) gTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTActgcgct < 1:390252/150‑1 (MQ=255) tgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt < 1:308918‑M1/31‑1 (MQ=255) ccTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTAcagcgctgatttc > 2:199227/1‑145 (MQ=255) ccTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGAGAGCTGAATATGAGGGAGGCGAACCTGGTTTCAGTCAAGTATAGCTTAGCAAGGCGCTTCGCGGGCACTC‑CCGCAGCCACAGGTAcagcgctgatttc > 2:1162825/1‑145 (MQ=255) cTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGCACTGCGCTGCGCTTg > 2:9707/1‑150 (MQ=255) gCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGCGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGaa < 1:1330226/150‑1 (MQ=255) gCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGAGATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGaa < 1:16577/150‑1 (MQ=255) cccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGaaa < 1:1099374‑M1/35‑1 (MQ=255) tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgc > 2:382364/1‑150 (MQ=255) gtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcac > 2:451909‑M1/111‑111 (MQ=255) gtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcac < 1:451909‑M1/1‑1 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGcgaagg < 1:1352812/119‑6 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGcgaagg > 2:1352812/1‑114 (MQ=255) gggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGt > 1:158778‑M1/106‑150 (MQ=255) gggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGt > 2:197154‑M1/106‑150 (MQ=255) ggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTa > 2:1099374‑M1/105‑150 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt < 2:584976/134‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt > 1:584976/1‑134 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc < 1:911553/150‑1 (MQ=255) gtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtg < 1:382364/150‑1 (MQ=255) gtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 2:308918‑M1/100‑150 (MQ=255) gtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 2:154600‑M1/100‑150 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 1:1177158/150‑1 (MQ=255) gcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 2:363828‑M1/98‑150 (MQ=255) ggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGa < 1:574207/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg > 2:1396043/1‑150 (MQ=255) ggtggtGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGc > 2:893469/1‑150 (MQ=255) ggtggtGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGc < 1:893469/150‑1 (MQ=255) 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ggATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGccc < 1:1021927/129‑1 (MQ=255) ggATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGccc > 2:1021927/1‑129 (MQ=255) tgagtgagGCGAACATGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGc < 1:1396043/150‑1 (MQ=255) gtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt > 2:1081423/1‑85 (MQ=255) gtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt < 1:1081423/85‑1 (MQ=255) gtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAg > 1:637628/1‑149 (MQ=255) 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ctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt < 1:397466‑M1/49‑1 (MQ=255) ctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt > 2:397466‑M1/34‑82 (MQ=255) gACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCCGCGCTGTACCtgt > 1:1148525/1‑77 (MQ=255) gACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 2:1148525/77‑1 (MQ=255) gACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGa < 2:191743/150‑1 (MQ=255) gACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGa < 2:645790/150‑1 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgcgc < 2:1026800/67‑1 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgcgc > 1:1026800/1‑67 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt < 2:857061/150‑1 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGTGCTTGAAATCAGCGATGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCGGCCGCTTCGATGc > 1:1270280/1‑150 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt < 2:1267323/54‑1 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCtt > 1:1267323/1‑54 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAg > 2:398985/1‑62 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAg < 1:398985/62‑1 (MQ=255) cAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCg < 1:719124/150‑1 (MQ=255) gCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCa > 1:1371716/1‑150 (MQ=255) gggcaCGC‑CCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGATTTCAAGCGCAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCaa < 1:1082756‑M1/145‑1 (MQ=255) ggCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAc < 2:1371716/150‑1 (MQ=255) CGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGt > 2:955144‑M1/1‑150 (MQ=255) | TGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGC‑CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGT > NC_002947/1779962‑1780258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |