New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2314387 = | 48 (0.800) | 4 (0.070) | 4/232 | NT | 8.0% | coding (781/888 nt) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
? | NC_002947 | 2314415 = | 46 (0.790) | coding (753/888 nt) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
AAGGCTGCCCGACAGCGACAGGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTACGGCGTCCCACAGCGCCAGGTTGAGTGCCGGGATCAGGTT > NC_002947/2314238‑2314531 | ccggcgccacgggctggtgtaccgccgcgcccaacctgatcccggcactcaacctggcgctgtgggacgccgtacaacaaggcgatctggccgaagcccgtgcgttgttctaccgccagtacgagctgctggagtacatcacccgccgtg < 1:168503‑M1/1‑1 (MQ=255) aGGCTGCCCGACAGCGACAGGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAgg < 1:1006986/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCCCGACAGCGACAGGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAgg < 1:265219/150‑1 (MQ=255) gacagGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGAtggtg > 2:1410499/1‑150 (MQ=255) gacagGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGAtggtg > 1:155191/1‑150 (MQ=255) gacagGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGAtggtg < 1:1486111/150‑1 (MQ=255) agGCTGCTGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTc < 1:194002/150‑1 (MQ=255) agGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTc < 2:337864/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGAtggt > 1:133360/1‑137 (MQ=255) ggCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGAtggt < 2:133360/137‑1 (MQ=255) gatcccggcactcaacctggcgctgtgggacgccgtacaacaaggcgatctggccgaagcccgtgcgttgttctaccgccagtacgagctgctggagtacatcacccgccgtGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTg > 2:168503‑M1/113‑150 (MQ=255) atcccggcactcaacctggcgctgtgggacgccgtacaacaaggcgatctggccgaagcccgtgcgttgttctaccgccagtacgagctgctggagtacatcacccgccgtGGCCTGCCGGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCAcggcgg > 1:38639‑M1/112‑150 (MQ=255) gCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGAAGGTTTGGTGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGAt > 1:1433399/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTcc > 2:436122/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCAcggcgg > 1:551327/1‑128 (MQ=255) ccaccaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCAcggcgg < 2:551327/128‑1 (MQ=255) caccaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGAGGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTa > 1:1601200/1‑150 (MQ=255) accaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGTAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGa > 2:13993/1‑130 (MQ=255) accaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGTAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGa < 1:13993/130‑1 (MQ=255) accaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGt < 2:319524/128‑1 (MQ=255) accaGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTACCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGt > 1:319524/1‑128 (MQ=255) cagcagGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAgg > 1:1026936/1‑91 (MQ=255) cagcagGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAgg < 2:1026936/91‑1 (MQ=255) tctagGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTgg < 1:1414335/147‑1 (MQ=255) cagGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCg < 1:436122/150‑1 (MQ=255) ggCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGAAGGACACGGCGGGAGAGTTACTGCAGCAGCTCGTACTGGcaga > 2:1414335/1‑147 (MQ=255) gCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTa < 2:1424980/150‑1 (MQ=255) gCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTa < 2:1601200/150‑1 (MQ=255) aGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGaacaac < 1:1446173/150‑1 (MQ=255) aGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGaacaac < 2:155191/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACgg < 2:579322/150‑1 (MQ=255) aTCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTgg < 2:289547/118‑1 (MQ=255) aTCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTgg > 1:289547/1‑118 (MQ=255) aTCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATc > 1:1388605/1‑150 (MQ=255) aTCCAGCCGCGGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTGGATGGTGGTCGGCCGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAACTCGTACTTGCGGTAGCACAACGCCCGGTCTTCCGCCAGATc > 2:151172/1‑150 (MQ=255) gCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCtt > 1:1628190/1‑150 (MQ=255) gCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGAACGCCTTGTTGTa > 1:1141943/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTAc > 2:968965/1‑150 (MQ=255) aGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTACg < 2:1533349/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGc < 2:1496428/127‑1 (MQ=255) gCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGc > 1:1496428/1‑127 (MQ=255) ccgccagtacgagctgctggagtacatcacccgccgtGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCAcgg > 2:869046‑M1/38‑69 (MQ=255) ccgccagtacgagctgctggagtacatcacccgccgtGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCAcgg < 1:869046‑M1/32‑1 (MQ=255) ggggCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTACGGCGTCCCACAgc < 1:968965/150‑1 (MQ=255) gACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTACGGCGTCCCACAGCGCCAGGtt > 1:614272/1‑150 (MQ=255) aCATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTa > 2:1088921/1‑80 (MQ=255) aCATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTa < 1:1088921/80‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCggg > 2:311488/1‑54 (MQ=255) ccTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCggg < 1:311488/54‑1 (MQ=255) tGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTACGGCGTCCCACAGCGCCAGGTTGAGTGcc < 1:883936/150‑1 (MQ=255) ggCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTCCGGCGCCCCACAGCGCCACGTTTAGTTCCg < 2:919453/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTAc < 2:1124740/73‑1 (MQ=255) gCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTAc > 1:1124740/1‑73 (MQ=255) cGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCgg > 1:798925/1‑77 (MQ=255) cGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCgg < 2:798925/77‑1 (MQ=255) gAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGc < 2:108829/99‑1 (MQ=255) gAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGc > 1:108829/1‑99 (MQ=255) tttCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGAACGCCTTGTTGTACGGCGTCCCACAGCGCCAGGTTGAGTGCCGGGATCAGGtt < 2:1141943/150‑1 (MQ=255) | AAGGCTGCCCGACAGCGACAGGCTGCCGGGCAGGTTTGGGCGTCAGTTGGTCAGCGCCACCAGCAGGCTTTTCAGGTGGTTGCTGCCTTGCGCATCCAGCGGCTGCAGGGGCAGGCGTGGGGCGCCGACATCCTGGCCGAGCATTTTCAGGCC‑‑‑‑GGCCTTGATGGTGGTCGGCAGGCCACGGCGGGTGATGTACTCCAGCAGCTCGTACTGGCGGTAGAACAACGCACGGGCTTCGGCCAGATCGCCTTGTTGTACGGCGTCCCACAGCGCCAGGTTGAGTGCCGGGATCAGGTT > NC_002947/2314238‑2314531 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |