New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2991869 = | NA (NA) | 3 (0.050) | 3/228 | NT | 5.6% | coding (244/516 nt) | hcpC‑I | hemolysin‑coregulated protein |
? | NC_002947 | 2991871 = | 53 (0.890) | coding (242/516 nt) | hcpC‑I | hemolysin‑coregulated protein |
GAGTGCGTGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGCTTGATTTCCTGAACCAGAATCT > NC_002947/2991720‑2992000 | gAGTGCGTGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATa < 1:524146/150‑1 (MQ=39) gAGTGCGTGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATa > 2:1200625/1‑150 (MQ=38) gAGTGCGTGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATa < 2:763366/150‑1 (MQ=39) ggTGCGTGGGGTAGGACGGTATTGATGCTGACGATCGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCGTGGTTGCCTTCCCACGAGGTCCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATAc < 1:1311836/149‑1 (MQ=11) cgaggggAAGCAGGGTATTTATGCTGACTGTGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCa < 2:509188/147‑1 (MQ=11) gTGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAg > 1:1274056/1‑150 (MQ=38) tGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAgg < 2:1040506/150‑1 (MQ=38) ggAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAggggg < 2:1196253/150‑1 (MQ=39) ggAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAggggg < 2:529202/150‑1 (MQ=38) gCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAg < 1:546839/150‑1 (MQ=38) gTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTg > 2:1270165/1‑150 (MQ=39) tATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGt < 2:1533102/150‑1 (MQ=39) aTGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGt < 1:1270165/150‑1 (MQ=39) aTGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGt < 1:858413/150‑1 (MQ=39) tGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAAc < 1:1200625/150‑1 (MQ=38) gATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGt > 2:434555/1‑142 (MQ=38) gATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGt < 1:434555/142‑1 (MQ=39) gtggCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAat < 2:1224889/150‑1 (MQ=39) tggCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAata > 1:51152/1‑150 (MQ=39) tCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGGTACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGa‑aa < 1:1455357/150‑1 (MQ=255) ttCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAgg < 2:1379113/150‑1 (MQ=38) tCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGc < 2:1552097/150‑1 (MQ=38) cGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCt < 2:313490/150‑1 (MQ=37) aGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTg > 2:240336/1‑132 (MQ=40) aGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTg < 1:240336/132‑1 (MQ=40) gAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTg < 2:897624/150‑1 (MQ=39) tGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTc < 1:447306/150‑1 (MQ=37) tGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTc < 2:1274056/150‑1 (MQ=38) ctTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGtt < 2:536340/150‑1 (MQ=38) gCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGct > 2:225112/1‑150 (MQ=39) gCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGct > 1:1262735/1‑150 (MQ=37) gCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGct > 2:954422/1‑150 (MQ=39) ccTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGctc > 2:1423372/1‑150 (MQ=38) ttCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGt < 1:340760/102‑1 (MQ=255) ttCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGt > 2:340760/1‑102 (MQ=255) ttCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGa < 2:1577491/142‑1 (MQ=37) ttCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGa > 1:1577491/1‑142 (MQ=39) tCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTgg < 2:1262735/150‑1 (MQ=38) ccGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTggg < 1:1050847/150‑1 (MQ=38) cgacgaGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTgggg < 1:225112/150‑1 (MQ=39) cgacgaGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTgggg < 2:51152/150‑1 (MQ=39) gacgaGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTggggg > 2:135577/1‑150 (MQ=37) gacgaGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGCCGGCATTTCGCCGTTGCCAAGTGCCTGATACATCGGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGCACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTggggg > 1:230416/1‑150 (MQ=11) acgaGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTg < 2:528223/124‑1 (MQ=39) acgaGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTg > 1:528223/1‑124 (MQ=38) tGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTgg < 1:135577/150‑1 (MQ=34) cGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTCGCTTTGTTCGGCGCAGCGG‑CCTCAGGATAGGGCGTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGc > 1:372125/1‑150 (MQ=11) ccAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGt > 1:1501709/1‑150 (MQ=35) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGt > 1:425089/1‑74 (MQ=255) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGt < 2:425089/74‑1 (MQ=255) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAata < 2:322356/79‑1 (MQ=40) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAata > 1:322356/1‑79 (MQ=40) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑GAGGCTTATGc > 1:101617/1‑93 (MQ=37) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGc < 2:101617/93‑1 (MQ=39) tCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGc > 1:53590/1‑150 (MQ=35) gACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGCtt > 1:150030/1‑150 (MQ=35) ccGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGCTTGa < 2:1116298/150‑1 (MQ=33) ccGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGCTTGATTTCCTGAACCAGAATc > 1:1452206/1‑150 (MQ=32) cGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGCTTGATTTCCTGAACCAGAATCt > 1:682589/1‑150 (MQ=32) | GAGTGCGTGGGGAAGCACGGTATTGATGCTGACGATGGTGGCGTCTTCGAGCGTGGTGGTGAAAAAATGCTCTTGTTTGCCTTCCGACGAGGTGCGATACCAGCTGACCTCGACCGTTGGCAGCATTTCGCCGTTGGCAAGTGCCTGATACATCAGGGGGGTAGCTTTGTTCAGTGAACTGGTGAATATGA‑AAGGCTTATGCACGCGCTGGCCACTCGGTTGACCGCTCTGGGGGTCAGTGGGCGTAGTCACCTCATGCTTGATTTCCTGAACCAGAATCT > NC_002947/2991720‑2992000 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |