| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4417233 | 81 (1.350) | 4 (0.070) | 3/224 | NT | 5.1% | coding (82/552 nt) | PP_3905 | LuxR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 4417293 | 73 (1.310) | coding (142/552 nt) | PP_3905 | LuxR family transcriptional regulator | |||||
AAGTTTCTTTTGTTCCATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGCCTGGCGCCTCGCGAA > NC_002947/4417084‑4417382 | aaGTTTCTTTTGTTCCATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCAT < 2:938044‑M1/150‑1 (MQ=255) tttGTTCCATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTg < 2:927095/150‑1 (MQ=255) tttGTTCCATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTg < 1:200748/150‑1 (MQ=255) ttCCATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGt > 1:676407/1‑150 (MQ=255) tcaatcaAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGATACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCGGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATAACCAGGATGCATtggtcgtgacgct > 2:207097‑M1/4‑137 (MQ=255) cATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCg > 2:1476634/1‑150 (MQ=255) aTCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCACGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGc > 2:451095/1‑150 (MQ=255) tCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGcc > 1:331273/1‑150 (MQ=255) ttGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCTTCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTcccc < 2:1486957/150‑1 (MQ=255) tGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCt < 1:1476634/150‑1 (MQ=255) cTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGt > 2:703202/1‑150 (MQ=255) tCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTccc < 1:958533/144‑1 (MQ=255) tCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTccc > 2:958533/1‑144 (MQ=255) aCGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCgg < 1:839405/150‑1 (MQ=255) ggTTGTAGGGCCTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCgggg > 1:800851/1‑149 (MQ=255) gTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAg < 2:156052/150‑1 (MQ=255) ttGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCCCCCCTGGTCCGGGAgg > 2:887945/1‑150 (MQ=255) gggACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCGGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCAt > 2:1184747/1‑150 (MQ=255) 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ggCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCAc < 2:1113979/145‑1 (MQ=255) ggCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCAc > 1:1113979/1‑145 (MQ=255) cccGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAat > 2:331273‑M2/1‑148 (MQ=255) acgGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAatg < 2:695360‑M2/149‑4 (MQ=255) ggCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgca < 1:394215‑M1/150‑66 (MQ=255) tGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGccc > 1:1479981/1‑150 (MQ=255) gCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCNATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCAGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCAc > 1:725963/1‑150 (MQ=255) gCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCAc > 2:1225553/1‑150 (MQ=255) cTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCAcc > 1:1604339/1‑150 (MQ=255) cTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGNGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCAcc > 1:1302195/1‑150 (MQ=255) 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ccacACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCga > 2:650301/1‑126 (MQ=255) ccacACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACt > 2:209514/1‑150 (MQ=255) cacaCGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTa > 2:1216985/1‑150 (MQ=255) acacGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATg < 1:494388/88‑1 (MQ=255) acacGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATg > 2:494388/1‑88 (MQ=255) cacGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgcca < 1:1638063‑M1/100‑55 (MQ=255) cacGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgcca > 2:1638063‑M1/1‑46 (MQ=255) cacGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAatgcagcc > 2:806164‑M2/1‑106 (MQ=255) cacGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAatgcagcc < 1:806164‑M2/114‑9 (MQ=255) ggtggtCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCa < 1:126293/150‑1 (MQ=255) gtggtCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCAt < 2:1479981/150‑1 (MQ=255) gtggtCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCAt < 2:432770/150‑1 (MQ=255) tCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGAc > 1:842366/1‑93 (MQ=255) 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(MQ=255) cccACCACCATGCTGCATCGGTCGTCGCGTAAGCACTCCCTTGGTCAGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAg < 2:676407/150‑1 (MQ=18) ccATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAgg > 2:1562172/1‑150 (MQ=255) cATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGc < 2:1302195/150‑1 (MQ=255) aTCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGcc > 1:417005/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGccc < 2:980086/81‑1 (MQ=255) aCCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGccc > 1:980086/1‑81 (MQ=255) ccAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATAACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGCCTGgc > 1:834896/1‑150 (MQ=255) caagCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCCCATGGATAGACCATCTCGGCCGAGGCCTAgcg > 2:360097/4‑150 (MQ=255) cAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAg < 2:939457/127‑1 (MQ=255) cAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAg > 1:939457/1‑127 (MQ=255) ggCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtg > 2:806164‑M1/1‑8 (MQ=255) ggCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtg < 1:806164‑M1/114‑107 (MQ=255) ggCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGCCTGGCGcc > 1:241803/1‑150 (MQ=255) gCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtgtggtggcatat > 2:1465111‑M1/1‑7 (MQ=255) gCTGCATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtgtggtggcatat < 1:1465111‑M1/124‑118 (MQ=255) tGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtgtggtggcatattgatggtgcccggatgtttagccacgcc < 1:394215‑M2/150‑86 (MQ=255) cATtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtgtggtggcatattgatggtgcccggatgtttagccacgccgt < 2:695360‑M1/150‑148 (MQ=255) aTtggtcgtgacgctcgctgccatgaacctcccggaccaggggagggcgaacgccacgaccgatgcagcctggtgatggggaaccaggtcgatcggaccaccagcgtgtggtggcatattgatggtgcccggatgtttagccacgccggg > 2:331273‑M1/1‑2 (MQ=255) tCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGCCTGGCGCCTCGCGaa < 1:703202/150‑1 (MQ=255) | AAGTTTCTTTTGTTCCATCAAATTTGCCTCAACGGTTGTAGGGACTTGAGAGGCTACCACGGCCCGGCGTGGCTAAACATCCGGGCACCATCAATATGCCACCACACGCTGGTGGTCCGATCGACCTGGTTCCCCATCACCAGGCTGCATCGGTCGTGGCGTTCGCCCTCCCCTGGTCCGGGAGGTTCATGGCAGCGAGCGTCACGACCAATGCAGCCCACCCCCGAGATCAAATCATGGACACGATCACTATCGGCGCATGGATAGGCCATCTCGGCCGAGGCCTGGCGCCTCGCGAA > NC_002947/4417084‑4417382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |