New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | = 4573275 | 69 (1.150) | 4 (0.080) | 4/190 | NT | 6.3% | intergenic (+39/‑98) | PP_4054/glgX | hypothetical protein/glycogen debranching enzyme |
? | NC_002947 | = 4573292 | 64 (1.350) | intergenic (+56/‑81) | PP_4054/glgX | hypothetical protein/glycogen debranching enzyme |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTCGCACCATCGCGCATTC > NC_002947/4573127‑4573424 | cAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGACGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAg > 1:1160367/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTtcat < 2:1553589/150‑1 (MQ=255) aaGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTtcatca > 1:1239022/1‑150 (MQ=255) aaGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTtcatca > 1:1531715/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGgc > 2:1488959/1‑150 (MQ=255) aGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGgcgc < 2:1239022/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAt > 2:476154‑M2/1‑149 (MQ=255) ccTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAtgcgcctgtgatgaacctgta < 1:1311681‑M1/150‑22 (MQ=255) cTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtag < 1:875128‑M2/150‑6 (MQ=255) gAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcg < 2:1418195‑M2/150‑11 (MQ=255) tggtgcgaccgagcgggttttctttggggtgcgggggctcatgacgatcctcgagtggccgtgatggaaggggaattgtgctgtcctgcattggccaCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCgg > 1:649488‑M1/98‑150 (MQ=255) aCCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcggg > 1:208600‑M2/1‑138 (MQ=255) ccAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtt < 2:847351‑M2/150‑15 (MQ=255) ggcTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtttacccgc < 1:1445005‑M2/150‑22 (MQ=255) ggcTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgg > 1:271818‑M2/1‑129 (MQ=255) tgccctgccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:746073‑M2/150‑25 (MQ=255) tgccctgccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:688610‑M2/1‑126 (MQ=255) ccctaccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGt < 2:189323/150‑1 (MQ=255) tgccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGc < 1:253558/150‑1 (MQ=255) tgccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGc < 2:1590171/150‑1 (MQ=255) cGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtttaccc < 2:418115‑M2/137‑20 (MQ=255) tttggggtgcgggggctcatgacgatcctcgagtggccgtgatggaaggggaattgtgctgtcctgcattggccaCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGc > 1:196048‑M1/76‑126 (MQ=255) tttggggtgcgggggctcatgacgatcctcgagtggccgtgatggaaggggaattgtgctgtcctgcattggccaCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGc < 2:196048‑M1/51‑1 (MQ=255) gggggTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAAt < 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tcatgacgatcctcgagtggccgtgatggaaggggaattgtgctgtcctgcattggccaCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAg < 2:835100‑M1/47‑1 (MQ=255) ggTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTcc < 1:1637951/150‑1 (MQ=255) gTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCACTTCGCGGGTACAAACCCCGGACCATGTTCATCATAAGTGCTTTGATGAGGGTGTTTACCCGCGAAGTGGCAAATGCAGGACAGCACAATTccc < 1:610310/150‑1 (MQ=255) tGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACaa < 1:866989/144‑1 (MQ=255) tGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACaa > 2:866989/1‑144 (MQ=255) gAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCt < 1:594584/150‑1 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(MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggca < 2:1506890‑M2/150‑110 (MQ=255) TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGCGCCTGTGATGAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCg < 1:726861‑M1/150‑1 (MQ=255) TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACg > 2:179579‑M1/1‑104 (MQ=255) CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCt > 2:827544‑M1/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccg > 1:418115‑M1/1‑19 (MQ=255) GTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTc < 2:273457‑M1/150‑1 (MQ=255) GTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTc < 2:273127‑M1/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTTCTACCtgctcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgg < 2:912856‑M1/150‑137 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccc < 1:128549‑M1/61‑49 (MQ=255) cccGCTCCTACAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggc > 1:531241‑M1/1‑12 (MQ=255) ccGCTCCTACAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagcc < 2:271818‑M1/140‑130 (MQ=255) CCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCTCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTCGCACCa < 2:419863‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTCGCACCATcgc > 1:110756‑M1/1‑150 (MQ=255) ccTACAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgggttcggca < 1:1529389‑M1/150‑145 (MQ=255) cTACAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgggttcggcag < 1:875128‑M1/150‑146 (MQ=255) CTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTACCATTCCATCAGGGCCACACGAGGATCTGGATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTCGCACCATCgcgc < 2:387726‑M1/150‑1 (MQ=255) tACAGGTTCATCACAGGCGCAtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgggttcggcagg < 1:1311681‑M2/150‑130 (MQ=255) aCAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgggttcggcaggc < 2:5782‑M1/150‑148 (MQ=255) aCAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgcgtgtactggcgaagaggcccggacaggcttaacccgcagtaggctttttcaccgccctgggcttgttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgggttcggcaggc < 2:610310‑M1/150‑148 (MQ=255) cAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc < 1:160108‑M1/48‑47 (MQ=255) cAtgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:160108‑M1/1‑2 (MQ=255) atgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaacccccggcagggcagccgccttgggttcggcaggcgc > 2:476154‑M1/1‑1 (MQ=255) | CAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAGAAAACCCGCTCGGTCGCACCATCGCGCATTC > NC_002947/4573127‑4573424 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |