New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4586100 | 25 (0.420) | 8 (0.200) | 7/164 | NT | 25.4% | intergenic (+139/+78) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
? | NC_002947 | = 4586128 | 30 (0.730) | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
GAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGA > NC_002947/4585984‑4586272 | gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctg < 1:184366‑M2/150‑6 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta > 2:184366‑M2/1‑142 (MQ=255) gATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagc > 2:1526469‑M2/1‑137 (MQ=255) tctcctctgctCCATCGAAATGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAAATCTTGCATTGATCGAGCCGTCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCATGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGATCgg < 2:1115200/144‑1 (MQ=255) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 1:513179‑M2/1‑135 (MQ=255) tgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCGGGACCTTGTCACCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacc > 1:1105740‑M2/1‑128 (MQ=255) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctgg < 2:279214‑M2/130‑7 (MQ=255) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctgg > 1:279214‑M2/1‑124 (MQ=255) gAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaaga < 1:144475‑M2/149‑31 (MQ=255) gAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaaga > 2:144475‑M2/1‑119 (MQ=255) cTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGTCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc < 1:254159/150‑1 (MQ=255) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 2:368086‑M2/1‑87 (MQ=255) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg < 1:368086‑M2/102‑16 (MQ=255) aTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggttt > 1:966725‑M2/1‑81 (MQ=255) aTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggttt < 2:966725‑M2/100‑20 (MQ=255) tgcggccggcctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggt > 1:1067800‑M2/4‑69 (MQ=255) tgcggccggcctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggt < 2:1067800‑M2/73‑8 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCATACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAtct > 2:837811/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCAt > 1:162752/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCAt > 1:588371/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCgg > 2:393745/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAAc < 1:393745/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGGCAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCGCGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc < 2:841367/143‑1 (MQ=17) cccGCTCCTACCAGGGGCAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCGCGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc > 1:841367/1‑143 (MQ=17) cccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGc < 1:1318201/44‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGc > 2:1318201/1‑44 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 1:23001/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc < 1:1352841/142‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc > 2:1352841/1‑142 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc > 1:293899/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt < 2:588371/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatct > 1:1284762‑M2/1‑41 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatct < 2:1284762‑M2/96‑56 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTg > 2:601935/1‑150 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagct < 1:415528‑M2/150‑114 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttc < 2:1581216‑M2/128‑92 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttc > 1:1581216‑M2/1‑37 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc > 2:906488/1‑147 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc < 1:906488/147‑1 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 2:1496545/1‑150 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag > 1:251347‑M2/1‑33 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag < 2:251347‑M2/131‑99 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCa > 2:1043172/1‑92 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCa < 1:1043172/92‑1 (MQ=255) aGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGcc < 2:293899/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccg < 1:807356‑M2/150‑124 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 2:222779/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 2:953132/1‑150 (MQ=255) gCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATc < 1:601935/150‑1 (MQ=255) ttGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCggg > 2:1486613/1‑150 (MQ=255) g‑cggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACtcg > 1:379267/1‑150 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc < 2:544047/121‑1 (MQ=255) ggcgCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 1:544047/1‑121 (MQ=255) gcgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt > 2:701787/1‑112 (MQ=255) gcgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt < 1:701787/112‑1 (MQ=255) cgcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGa < 1:953132/150‑1 (MQ=255) | GAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGA > NC_002947/4585984‑4586272 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |