New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5395491 | 63 (1.050) | 7 (0.120) | 6/230 | NT | 10.9% | intergenic (+21/‑80) | hsdR/hsdM | type I restriction modification system endonuclease/type I restriction modification system methylase |
? | NC_002947 | = 5395509 | 54 (0.940) | intergenic (+39/‑62) | hsdR/hsdM | type I restriction modification system endonuclease/type I restriction modification system methylase |
CCTTTAACCAGCTCGGTGCACCCATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCGACGCCCAGCGCATTGGCCAGC > NC_002947/5395364‑5395658 | ccTTTAACCAGCTCGGTGCACCCATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTccac > 1:619389‑M2/1‑146 (MQ=255) tttAACCAGCTCGGTGCACCCATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAGAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCt > 1:1413893/1‑150 (MQ=255) tttAACCAGCTCGGTGCACCCATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCt > 2:496738/1‑150 (MQ=255) tGCACCCATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACGACAGAGACCTCCACGGGCCGCGCCGCGCGCTGTACGCCAGTTAAACCGCTCTACCCGTTGGATGGTCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTcc < 1:1191929/150‑1 (MQ=255) cccATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTa < 1:496738/150‑1 (MQ=255) tGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCg > 2:1214303/1‑150 (MQ=255) gTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCt > 1:809475/1‑150 (MQ=255) gTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCt < 2:162282/150‑1 (MQ=255) tagaGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCttt > 1:1641652/4‑150 (MQ=255) aaGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGc < 1:557859/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCcaca > 1:1034997/1‑150 (MQ=255) tttGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATcccc > 2:484750/1‑137 (MQ=255) tttGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATcccc < 1:484750/137‑1 (MQ=255) tttGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATAAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCacac < 1:1162879/150‑1 (MQ=255) gcggcAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGAt > 2:808687/1‑150 (MQ=255) cTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACa > 2:1372997/1‑114 (MQ=255) cTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACa < 1:1372997/114‑1 (MQ=255) caaccaAGCTATCCACGAACTGGAAGACGCGCTATACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGCCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCCAGTGAGAATTCGTTATGt < 2:351/150‑1 (MQ=255) aacaaAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTc > 2:469805/1‑150 (MQ=255) tATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCt > 2:1094395/1‑150 (MQ=255) ccATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTcca < 1:808687/150‑1 (MQ=255) aTGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGc > 2:695631/1‑111 (MQ=255) aTGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGc < 1:695631/111‑1 (MQ=255) aaCTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATc < 2:1091872/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCAt < 2:75326/134‑1 (MQ=255) tGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCAt > 1:75326/1‑134 (MQ=255) ggAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGt < 2:1034997/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGtcc > 2:408429/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGtccatc < 2:809475/150‑1 (MQ=255) cTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGa < 1:469805/150‑1 (MQ=255) aCGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCACGTCCCTCCAGGAcatc < 2:1641652/150‑1 (MQ=255) ccAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATg > 1:484900/1‑150 (MQ=255) ccAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATg > 1:484654/1‑150 (MQ=255) cAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGAcatc < 2:247573/146‑1 (MQ=255) cAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGAcatc > 1:247573/1‑146 (MQ=255) cAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATgc > 2:1165717/1‑150 (MQ=255) gTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTccacccaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgtcttcca > 2:317251‑M2/1‑44 (MQ=255) gTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTccacccaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgtcttcca < 1:317251‑M2/91‑48 (MQ=255) ttAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCa > 1:1274806/1‑150 (MQ=255) aaTCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCaaa > 1:373681/1‑150 (MQ=255) tCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTccac > 2:1440019/1‑117 (MQ=255) tCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTccac < 1:1440019/117‑1 (MQ=255) tCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGa > 1:620908/1‑150 (MQ=255) gCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGt < 2:1274806/150‑1 (MQ=255) gCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGt < 1:408429/150‑1 (MQ=255) tctACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCg < 1:1165717/150‑1 (MQ=255) tACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGAcatc > 2:368434/1‑132 (MQ=255) tACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGAcatc < 1:368434/132‑1 (MQ=255) aCCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTccacctaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgtcttccagttcatggatagctttgttgtagccagctttgccgccaaaggctttaaccagttcgatgggtgcaccgagct < 2:113972‑M2/150‑120 (MQ=255) ccGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCa < 2:1255616/50‑1 (MQ=255) ccGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCa > 1:1255616/1‑50 (MQ=255) ccGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTc > 2:1430095/1‑150 (MQ=255) gTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGa > 2:1156940/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGAAAAGACGTCGGCGTCGAt < 1:1094395/150‑1 (MQ=255) gtgggCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCg > 2:1621223/1‑150 (MQ=255) gggggCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCg > 1:1470590/3‑150 (MQ=255) tgggCAACGGCGGAGCCTTGTccacccaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgtcttccagttcatggatag < 2:221731‑M2/80‑60 (MQ=255) tgggCAACGGCGGAGCCTTGTccacccaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgtcttccagttcatggatag > 1:221731‑M2/1‑21 (MQ=255) tgggCAACGGCGGAGCCTTGTccacccaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgccttccagttcatggatagctttgttgtagccagctttgccgccaaaggctttaaccagttcgatgggtgcaccgagctggttaaaggg < 1:309537‑M2/150‑130 (MQ=255) aaCGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCGACGccc > 1:152006/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGAGCCTTGTccacccaacgggtagagcggattaactggcgtacagcgcgccttccagttcatggatagctttgttgtagccagctttgccgccaaaggctttaaccagttcgatgggtgcaccgagctggttaaagggatcgag > 2:309537‑M2/1‑15 (MQ=255) ggAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGAcatcat > 1:1195015/1‑112 (MQ=255) ggAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGAcatcat < 2:1195015/112‑1 (MQ=255) gAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCGACGCCCAGCGCAt > 1:727260/1‑150 (MQ=255) tCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCGACGCCCAGCGCATTGGCCAGc < 1:1430095/150‑1 (MQ=255) | CCTTTAACCAGCTCGGTGCACCCATCGAACTGGTTAAAGCCTTTGGCGGCAAAGCTGGCTACAACAAAGCTATCCATGAACTGGAAGACGCGCTGTACGCCAGTTAATCCGCTCTACCCGTTGGGTGGGCAACGGCGGAGCCTTGTCCACCTAAGCAGCCAACTCCATTACAATCCCCCGCTTTGCCACACCGATTGAGAATTCGTTATGTCCATCAGCTCCACCATCAAGTCCATCCAGGACATCATGCGCAAAGACGTCGGCGTCGATGGCGACGCCCAGCGCATTGGCCAGC > NC_002947/5395364‑5395658 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |