| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,582,864 | T→A | 6.6% | H178L (CAC→CTC) | PP_4911 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,582,864 | 0 | T | A | 6.6% | 190.3 / 4.8 | 61 | H178L (CAC→CTC) | PP_4911 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/31); new base A (2/2); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
CCTGAGTCGGTGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAA > NC_002947/5582718‑5583009 | ccTGAGTCGGTGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGtgct > 2:641486/1‑150 (MQ=255)ccTGAGTCGGTGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGtgct > 1:964023/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTggtgctgct > 1:686478/1‑150 (MQ=255) gTGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTcga > 2:390768‑M2/1‑147 (MQ=255) tGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTcgag < 1:698864‑M2/150‑5 (MQ=255) gCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTcgagg > 2:1388431‑M2/1‑145 (MQ=255) aGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTg < 2:901336/150‑1 (MQ=255) gCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTTGTTGGCCAGCTGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTCCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCCAGGTgg > 1:1110751/1‑150 (MQ=255) cGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTcga > 1:1120129‑M2/1‑141 (MQ=255) cGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTcga < 2:1120129‑M2/144‑4 (MQ=255) cGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGga < 2:155686/150‑1 (MQ=255) tttttCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATa < 2:964023/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACgg < 2:800797/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCATGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACgg < 1:775279/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGtt < 2:583130/150‑1 (MQ=255) gTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTgg < 2:1641733/137‑1 (MQ=255) gTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTgg > 1:1641733/1‑137 (MQ=255) ccTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCAc > 1:1068847/1‑150 (MQ=255) tctTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGc > 1:6762/1‑150 (MQ=255) tctTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGc > 2:1013142/1‑150 (MQ=255) cGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACAt < 2:736145/150‑1 (MQ=255) aaTCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGcc > 1:302192/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATa < 2:3852/124‑1 (MQ=255) cGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATa > 1:3852/1‑124 (MQ=255) ccAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGAc > 2:1461304/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACg > 2:908943/1‑150 (MQ=255) ttCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTgg > 2:323762/1‑150 (MQ=255) cACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGc < 1:1013142/150‑1 (MQ=255) gccgTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATcc < 1:323762/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGAGCAGCAGCAcgagggca > 1:1442275‑M2/1‑78 (MQ=255) tCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGAGCAGCAGCAcgagggca < 2:1442275‑M2/86‑9 (MQ=255) gCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGNCGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTTAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCg > 1:1204371/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGgat > 1:1595669/1‑78 (MQ=255) ggCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGgat < 2:1595669/78‑1 (MQ=255) aGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTg < 1:1420055/150‑1 (MQ=255) gCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGc < 1:1328026/150‑1 (MQ=255) ttCTGCAACAGTTGGCCTTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCa < 1:1318839/150‑1 (MQ=255) ttCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCa < 1:641486/150‑1 (MQ=255) tCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAg > 2:976664/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGaa < 2:1204371/150‑1 (MQ=255) tGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGaa < 2:1068847/150‑1 (MQ=255) aaCAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATcc > 2:1631996/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAg > 1:1086239/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGAGCAGCAGCAcgagggcagtga > 2:526365‑M2/1‑50 (MQ=255) ttGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGAGCAGCAGCAcgagggcagtga < 1:526365‑M2/62‑13 (MQ=255) ccTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACCTGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGa > 2:549201/1‑150 (MQ=255) gAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCg < 1:1461304/150‑1 (MQ=255) gCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGac < 1:976664/150‑1 (MQ=255) cTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGacaa < 2:925350/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGacaaca < 2:915407/150‑1 (MQ=255) cTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAg < 1:620149/129‑1 (MQ=255) cTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAg > 2:620149/1‑129 (MQ=255) cTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCAc > 1:1080306/1‑150 (MQ=255) gacgacTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGc < 1:1631996/150‑1 (MQ=255) gacgacTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGc > 2:327932/1‑150 (MQ=255) gacTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGc < 2:1576498/72‑1 (MQ=255) gacTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGc > 1:1576498/1‑72 (MQ=255) cTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTg < 2:69418/102‑1 (MQ=255) cTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTg > 1:69418/1‑102 (MQ=255) aCTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAg < 2:747813/66‑1 (MQ=255) aCTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAg > 1:747813/1‑66 (MQ=255) cTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGAGGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGAGGCTACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGaa < 2:686478/150‑1 (MQ=255) cTCGTGCTGCTGCTCGAGGCGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGaa < 2:1080306/150‑1 (MQ=255) | CCTGAGTCGGTGCAGCGGGCTTTTTCGGTGCCTCTTCGGCAATCGCCGGCTGGTTGGCCAGCGGCTTCACCGCCGTGCTCAGCTGTTCGGCCAGCTTCTGCAACAGTTGGCCCTGAGCCTGCACCTGCGACGACTCACTGCCCTCGTGCTGCTGCTCGAGGTGGATGATACGGTTGTCACGCACATGGCCACGGCGGTCAAGCAGACGCCACTGGGCATCCAGGATGGCCGGCTGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAA > NC_002947/5582718‑5583009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |