| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,615,042 | G→T | 8.5% | P177P (CCC→CCA) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,615,042 | 0 | G | T | 8.5% | 168.4 / 2.5 | 55 | P177P (CCC→CCA) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/27); new base T (2/3); total (25/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
AAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTCGACCTCCGCGCCCAGCGACAGT > NC_002947/5614893‑5615186 | aaGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTg < 1:664036/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTgg < 1:1497454/150‑1 (MQ=255) ggCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTggg < 1:1491514/150‑1 (MQ=255) caggtccaggtcCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATAAGGCTAGCGCCCAGATAGATGGAAAATTCCGTGCCCTTGGGGTCGGc > 2:1413774/1‑150 (MQ=255) ggtccTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCg > 2:1384307/1‑150 (MQ=255) tccTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGc > 1:81769/1‑140 (MQ=255) tccTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGc < 2:81769/140‑1 (MQ=255) gcaACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCt < 1:1564835/150‑1 (MQ=255) gcaACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCt > 2:1522042/1‑150 (MQ=255) aCTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTgg < 1:1413774/150‑1 (MQ=255) ttGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCgccgcc > 2:94499/1‑150 (MQ=255) ttGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCgccgcc > 1:1637682/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCa < 1:1029045/150‑1 (MQ=255) 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2:852827/1‑150 (MQ=255) cGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGAtttt < 1:1522042/150‑1 (MQ=255) cGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGAtttt < 1:852827/150‑1 (MQ=255) aCGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGAttttt > 1:1480177/1‑149 (MQ=255) aCGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGAttttt < 2:1480177/149‑1 (MQ=255) aaCGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTg > 2:1051888/1‑136 (MQ=255) 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aCGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTc < 1:94499/150‑1 (MQ=255) aCGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTc < 1:1305865/150‑1 (MQ=255) aCGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTc < 1:1384307/150‑1 (MQ=255) aCGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTc < 2:1190663/150‑1 (MQ=255) tAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGa < 2:1635501/127‑1 (MQ=255) tAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGa > 1:1635501/1‑127 (MQ=255) tGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTCGACCTCcg > 1:38831/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTTTCGACCTCcga < 2:436080/150‑2 (MQ=255) acaaGTCCGTGCCCTGGGCGTCGCCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTCGACCTCCgcgc < 2:912600/148‑1 (MQ=255) aGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGTACTCTAGCAGGCTGTCGACCTCCGCGCCCa < 1:1533253/150‑1 (MQ=255) cccTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGACAACGCGACCAGGCAGCGGGGGTGGTGATTTTTCAGAGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTCAACCTCCGCGCCCAGCGACAGt > 1:1191160/1‑150 (MQ=255) ccTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTc > 1:748836/1‑127 (MQ=255) ccTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTc < 2:748836/127‑1 (MQ=255) | AAGGCGCCCAGGTCCAGGTCCTGCAGCAACTGCAAGCCCTTGGCGACCAGTTCGGCCTCATCGACGCAACGGCCGACGATGGTCTCGAACTCGCTGAGGTTCGGGGTAATCAGGCTAGCGCCACGGTAGATGGAAAAGTCCTTGCCCTTGGGGTCGGCCAGCACCGGAATGCCCTTGGCCCGCGCCGCCTGGATCAGGTTTTGGTGATTTTTCAGTGCGCCTTTGCCGTAGTCGGACAGGACCAGCACCTTGACGCCTTCGAGCAGGCTGTCGACCTCCGCGCCCAGCGACAGT > NC_002947/5614893‑5615186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |