| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,863,456 | C→A | 7.5% | V163V (GTG→GTT) | PP_5138 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,863,456 | 0 | C | A | 7.5% | 254.1 / 6.1 | 79 | V163V (GTG→GTT) | PP_5138 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/32); new base A (4/2); total (45/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GCCTTGACCCCAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCACCCGGTAATCCTCGAGCATTTCCAGCACCTGCTGCGAGTTGCCGATCTCCACCGCCACTTCAACCTGCGG > NC_002947/5863313‑5863605 | gCCTTGACCCCAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGccaccacc > 1:1296658/1‑150 (MQ=255) cTTGACCCCAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGccacca < 2:1429481/146‑1 (MQ=255) cTTGACCCCAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGccacca > 1:1429481/1‑146 (MQ=255) ttGACCCCAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCTTATGAAGCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCaaa > 1:515335/1‑150 (MQ=255) gACCCCAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAgg < 1:538466/150‑1 (MQ=255) aCCCCATCGTCCTTCATCAGCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGTTGGCAATGCCCCGATACCACCGCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAggg < 2:569561/150‑1 (MQ=255) ccccAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGt > 2:276311/1‑150 (MQ=255) cAGCCTCCTGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAg > 2:1258746/1‑150 (MQ=255) tcctGCATCATCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGccc > 2:1060594/1‑150 (MQ=255) catcatCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGcc > 1:49475/1‑124 (MQ=255) catcatCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGcc < 2:49475/124‑1 (MQ=255) catcatCTGCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGGCAGTGCCCAGTAt > 2:281629/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGTCAGCTTGAGTGGGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCcgccgc > 2:1222847/1‑150 (MQ=255) gCTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATCGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCGCAGTATCcgccgcc > 2:463386/1‑149 (MQ=255) cTCGGTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCAc > 1:1082276/1‑150 (MQ=255) ggTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCaa > 1:1249636/1‑150 (MQ=255) gTCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAAc < 1:1258746/150‑1 (MQ=255) tCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGt < 1:1527204/127‑1 (MQ=255) tCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGt > 2:1527204/1‑127 (MQ=255) tCAGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAAcc > 1:226378/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCGTGTGGTCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGt > 2:968418/1‑150 (MQ=255) tCGAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCAccc > 2:288951/1‑150 (MQ=255) gAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCAt < 1:1499983/150‑1 (MQ=255) gAGCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCAt > 2:1105889/1‑150 (MQ=255) gCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTg > 2:651231/1‑150 (MQ=255) gCCCTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTg > 2:893547/1‑150 (MQ=255) cccTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGc < 2:678141/150‑1 (MQ=255) cccTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGc > 1:327071/1‑150 (MQ=255) cccTTCTCCCGAATCAGCAGGCAATGCCCTGCCCCGCCAGCGACCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGc < 2:1088501/150‑1 (MQ=255) cTTCTCCCGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGcga < 2:1204747/150‑1 (MQ=255) ccGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGccaccac < 2:191357/87‑1 (MQ=255) ccGCATCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGccaccac > 1:191357/1‑87 (MQ=255) aTCAGCAGGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCa > 2:883505/1‑150 (MQ=255) cagGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTc < 1:288951/150‑1 (MQ=255) cagGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTAGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTc > 2:1330810/1‑150 (MQ=255) agGCAATGCCCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTcc > 1:148868/1‑150 (MQ=255) ggCAATGCTCCGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCa > 2:1103922/1‑150 (MQ=255) 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ccGACACCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCACCCGGTAAt > 1:1108522/1‑150 (MQ=255) acacCACCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCACCCGGTAATCCt > 1:1084173/1‑150 (MQ=255) caccacCTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCACCCGGTAATCCTc < 2:1232101/150‑1 (MQ=255) ccaccTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCACCCGGTAATCCTCGa < 1:883505/150‑1 (MQ=255) ccaccTCGATCGACACCGTCTGGCGATGGGCCAGCGGATGGTTGCGGTGCACCGCCACCACCAAAGGGTCAGTGCCCAGTATCCGCCGCACCAACCGTGCGTCCTCCACCCATTGCGACGACGCGGCAATGTCCACCCGGTAATCCTCGa < 2:226378/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |