| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,756 | G→T | 8.4% | A140A (GCC→GCA) | ycaC‑II ← | putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,756 | 0 | G | T | 8.4% | 208.4 / 5.7 | 68 | A140A (GCC→GCA) | ycaC‑II | putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/36); new base T (3/3); total (29/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACCACACCGGCGATGATCAGTTGCTTGCGGCCCGTGGCCTTGATTGCCTTGACGAAGTCTTCGTTGTCCCAG > NC_002947/5984613‑5984903 | agcagGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAg < 1:1453461/144‑1 (MQ=255)agcagGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAg > 2:1453461/1‑144 (MQ=255) cagGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCTTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGt < 1:1318599/150‑1 (MQ=255) agGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTc < 2:551250/150‑1 (MQ=255) gTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTcac > 1:454885/1‑150 (MQ=255) tACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTcacca < 2:475687/150‑1 (MQ=255) tACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTcacca < 1:1498011/150‑1 (MQ=255) cccAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACg > 1:1336958/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAgg < 2:743790/135‑1 (MQ=255) ccAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAgg > 1:743790/1‑135 (MQ=255) cAGCCCTTCGATGTCGGTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGACCGATGCCTCGGGcaccttcaa < 2:698086/150‑6 (MQ=38) gCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAaca < 2:1336958/150‑1 (MQ=255) cTTCGATGTCGTTGCGCCGGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAGCCTGTTCATCATCTGCGCCCCCGCCTGGGTCATCCGTACCCAAGCGGGTTGCTGCACCGTTTCGTTGAAGGTGTCGGAGGCAGCGGTCACCTCGacaacta > 2:151807/1‑144 (MQ=25) ttCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTc > 1:607791/1‑150 (MQ=255) 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gTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAgcgc < 1:27315/150‑1 (MQ=255) cggCCAAGGAGAACGATTGGATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAgg < 2:41508/149‑1 (MQ=255) ggCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACTAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGc > 1:917482/1‑150 (MQ=255) gCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTc > 2:22679/1‑122 (MQ=255) gCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTc < 1:22679/122‑1 (MQ=255) ccACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCAAGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCa < 1:378374/150‑1 (MQ=255) ccACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACACGCCTGGGTTGTGCGTACCGAACCCGCTCGCTGCACGGTTTCGTGGAAGGTGCCCGAGGAATCGGTCACCACGAACACTTCCACCCCTTACGCTACCGCCGACAGCGTCGGGAAGGCCa < 2:1177337/150‑1 (MQ=255) cACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCgg < 2:1066282/141‑1 (MQ=255) cACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCgg > 1:1066282/1‑141 (MQ=255) aCCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACGCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGt > 2:1296928/1‑95 (MQ=255) aCCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGt < 1:1296928/95‑1 (MQ=255) cAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCaaaa < 1:654023/105‑1 (MQ=255) cAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCaaaa > 2:654023/1‑105 (MQ=255) aGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGc < 1:1508060/136‑1 (MQ=255) aGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGc > 2:1508060/1‑136 (MQ=255) tcatcaTCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTca < 1:148078/150‑1 (MQ=255) catcatCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTcac > 2:1099509/1‑150 (MQ=255) catcTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAgg > 2:677967/1‑128 (MQ=255) catcTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAgg < 1:677967/128‑1 (MQ=255) atcTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCCAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACcaca < 2:1253339/150‑1 (MQ=255) atcTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCAACGATTTGGTGAAGGTGGCCTATTTAGCTGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTTCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACcaca > 1:444261/1‑150 (MQ=255) tcTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACCacac > 1:901994/1‑150 (MQ=255) tcTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACCacac < 2:444261/150‑1 (MQ=255) cACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGACCGATGCCTCGGGcac < 1:846569/73‑1 (MQ=38) 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gAACGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAAAACTGCAAAACCTTCCGCCAGCGCAGACATGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGTTCACCACACCGGCGATGGTCAGTTGCTTGCGGCCCTTGGCCTTGATTGCCTTGACGAAGTCTTc > 2:81130/1‑150 (MQ=37) gAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACCACACCGCCGTGGTAGTGTTGCTTGCGGCCCGTGGCCTTGATTGCCTTGACGAAGTCTTCGTTGTCCCAg > 1:837464/1‑150 (MQ=37) gAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGCCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACCACACCGGCGATGATCAGTTGCTTGCGGCCCGTGGCCTTGATTGCCTTGACGAAGTCTTCGTTGTCCCAg < 1:1049554/150‑1 (MQ=255) | AGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGTTCGCAGGCCACCGAGAACCAGTTCATCATCTGCGCACCCGCCTGGGTCATGCGTACCCAAGCCGCTTGCTGCACGGTTTCGTTGAAGGTGCCCGAGGCATCGGTCACCACGAACACTTCAAAACCTTCCGCCAGCGCCGACAGGGTCGGGAAGGCCACGCACACATCGGTCACCACACCGGCGATGATCAGTTGCTTGCGGCCCGTGGCCTTGATTGCCTTGACGAAGTCTTCGTTGTCCCAG > NC_002947/5984613‑5984903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |