| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,080,204 | A→T | 5.5% | Q31L (CAG→CTG) | PP_5332 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,080,204 | 0 | A | T | 5.5% | 272.6 / 5.2 | 87 | Q31L (CAG→CTG) | PP_5332 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/40); new base T (3/2); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
AAACTCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGCGACCAGGCCATCTTCCGCCAGGGCAAGTCGGTACGCGCCGGGGTACCGGTGTGCTGGCCATGGTTTGGCAACCTGCAGCGCAACCCTCAG > NC_002947/6080056‑6080352 | aaaCTCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGGATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCcagcag < 2:71407/150‑1 (MQ=255) cTCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGgc < 2:1165421/150‑1 (MQ=255) tCATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGgcg > 2:406199/1‑150 (MQ=255) cATTGCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACCCCGGATCGCCCAGCAGGgcgc > 1:1317945/1‑150 (MQ=255) gCATCTGCCCGGGTCTAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAg < 2:1142725/150‑1 (MQ=255) gCATCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAg < 1:130355/150‑1 (MQ=255) tCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTc < 2:305602/150‑1 (MQ=255) tCTGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTc > 2:453849/1‑150 (MQ=255) tGCCCGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCt > 2:1253919/1‑150 (MQ=255) cccGGGTCCAAGGCCCACTGGGAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCa < 2:519043/150‑1 (MQ=255) cccGGGTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCa < 2:518941/150‑1 (MQ=255) gTCCAAGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTAc < 1:1451242/150‑1 (MQ=255) aaGGCCCACTGGCAATCACTGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCt < 2:267092/139‑1 (MQ=255) aaGGCCCACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCt > 1:267092/1‑139 (MQ=255) ccACTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCGGTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTa > 1:950659/1‑150 (MQ=255) aCTGGCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAgg > 2:1409699/1‑150 (MQ=255) gCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAgg < 1:1507488/146‑1 (MQ=255) gCAATCAATGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAgg > 2:1507488/1‑146 (MQ=255) aatcaatGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAAcc > 1:1224684/1‑150 (MQ=255) aatGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAAccgccg > 2:461314/1‑150 (MQ=255) atGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACcgccgc < 1:453849/150‑1 (MQ=255) tGAGAAGAACGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCgct > 1:1333619/1‑150 (MQ=255) gaagaaCGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCgctgct > 1:473373/1‑150 (MQ=255) 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cGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGTGCGCCCTGCTGGgcgatcag < 2:489994/106‑6 (MQ=255) cGCAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAAATGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCt < 2:1100694/150‑1 (MQ=255) cAATGGCTACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGa < 1:280592/150‑1 (MQ=255) tACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGc < 1:297702/145‑1 (MQ=255) tACCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAGGTAGGCGAACCGCCGCTGCTGTGGCTGAGc > 2:297702/1‑145 (MQ=255) aCCTTTCAGGTCGTAACCGAGCAACATGGCGAACTCAACTGCTGGCGTATCAGCAGTGACCGTGCCGAACTCCTGATCGCCCAGCAGGGCGCACAGGTCCTCAGCTACCAGCAgg < 1:279691/115‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |